不论采取何种形式进行乡镇企业产权制度改革，都要认真做好以下工作：
一是认真清产核资。对企业的固定资产、流动资产、长期投资、无形资产、递延资产和其他资产进行全面的清查、登记、核实，做到账账相符、帐物相符。二是搞好资产评估。进行产权制度改革的企业应由有资质证的中介机构进行资产评估，资产评估报告书经资产所有者和主要债权人认可后，向企业职工和社区农民群众张榜公布，防止低评和漏评。三是明晰产权关系。按照国家法律、法规和有关政策，坚持“谁投资，谁拥有产权”的原则，合理确定财产归属和企业产权关系。四是合理设置股权。进行股份制改制的企业按照《
公司法》规定设置股权。进行股份合作制改制的企业一般可设法人股和自然人股。无论何种股权，均不得退股。根据投资主体的情况，股权可区分为普通股和优先股。五是搞好收益分配。股份制和股份合作制企业在收益分配上，必须兼顾国家、集体、企业、职工、股东各方利益，依法纳税，按规定提取各种规费和基金，实行按劳分配和按股分红相结合，做到股权平等，利益共享，风险共担。
五、深化乡镇企业产权制度改革的几项政策规定
进行企业产权界定必须贯彻《
乡镇企业法》和农业部印发的《农村集体资产清产核资资产所有权界定暂行办法》等有关法律、法规和政策规定。企业依法享受的优惠，包括以税还贷、税前还贷和各种减免税金所形成的权益，３０％归乡村集体经济组织，７０％归企业职工；对于乡村集体经济组织没有或投入很少本金，靠贷款发展起来的企业，其所有者权益２０％归乡村集体经济组织，８０％归企业职工集体所有；完全由个人出资，挂靠乡村集体，只交纳管理费的企业，原则上将各种提留、税收减免所形成的资产，界定为乡村集体经济组织所有。对于那些投资主体不清，又没有相应法律、法规和政策依据的资产，要充分考虑企业性质、原始资本投入、劳动积累、政策优惠等多种资产形成因素，按照实事求是、平等协商的原则，公平合理地加以界定。
乡村集体企业改制中，允许从企业的存量净资产中划出一部分作为劳动积累，按职工贡献大小折股量化给企业职工，职工依据量化数额按照一定比例进行配股。量化给企业经营者、职工个人的股份，离开企业即视为自动放弃股权。
在乡村集体企业改革中必须把银行债务落到实处，绝不允许悬空逃废银行债务。对资债相当的乡村集体企业，在妥善安置职工的前提下允许实行“零资产”出售，债随资走。
