四十八、第四十四条第（四）项和第四十五条第（一）项、第（二）项、第（三）项、第（四）项合并为第四十三条，并修改为：“违反本条例第十五条、第二十七条规定的，责令其停止违法行为，可以并处五十元以上五百元以下的罚款；造成工程设施损害的，应当赔偿损失。”
四十九、增加三条，作为第四十四条、第四十五条、第四十六条：
“第四十四条 违反本条例第十七条规定，擅自在水利工程管理范围内兴建建设项目的，责令其纠正违法行为，采取补救措施，可以并处一万元以上五万元以下的罚款；工程设施严重影响防洪的，责令限期拆除，逾期不拆除的强行拆除，所需费用由违法者承担。”
“第四十五条 违反本条例第十九条、第二十条规定，未报送有关文件和施工安排，或者未按批准的设计施工的，责令其纠正违法行为。”
“第四十六条 违反本条例第二十一条第二款规定，未取得凿井资质证书或者井用管材生产许可证的，工商行政管理部门不得发给营业执照。无照经营的，由工商行政管理部门按照有关规定处理。”
五十、第四十三条第（一）项改为第四十七条，并修改为：“违反本条例第二十四条规定的，责令其纠正违法行为，没收违法所得，限期排除障碍或者采取补救措施，可以并处五百元以上五千元以下的罚款。”
五十一、第四十三条第（二）项、第（三）项、第（七）项和第四十四条第（一）项、第（二）项、第（三）项改为第四十八条，并修改为：“违反本条例第二十五条规定的，责令其纠正违法行为，赔偿损失，采取补救措施，可以并处三百元以上五万元以下的罚款。”
五十二、第四十三条第（四）项、第（五）项、第（六）项改为第四十九条，并修改为“违反本条例第二十六条规定的，责令其纠正违法行为，采取补救措施，可以并处五百元以上五万元以下的罚款；严重影响防洪的，限期拆除，逾期不拆除的强行拆除，所需费用由违法者承担；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予行政处分。”
五十三、第四十六条改为第五十条，并修改为：“违反本条例第三十条规定的，责令其停止违法行为；对水利工程造成损害的，并应当采取补救措施，赔偿损失。”
