六、删去第五条。
七、第六条改为第七条，并将“由县级以上人民政府给予表彰或奖励”修改为：“由县级以上人民政府或者水行政主管部门给予表彰和奖励”。
八、第三十一条改为第八条，并修改为：“国家投资兴建的以社会效益为主的水利工程的维护、运行管理经费，分别由各级财政支付。较大工程的配套建设和更新改造资金，由计划部门列入年度基建计划。”
九、增加一条，作为第九条：“各级人民政府水行政主管部门，应当在保证社会效益的同时，积极推进水利产业化，逐步实现以水养水、以工程养工程等自我发展的目标，提高水利工程的综合效益。
多渠道投资兴建的水利工程，应当根据不同的投资主体，建立多种形式的管理运行机制，自主经营，自我发展。”
十、第七条改为第十条，第一款修改为：“水利工程应当设置相应的管理机构或者管理人员，建立目标管理责任制和考核制度。”
十一、第八条改为第十一条，第（一）项修改为：“宣传贯彻执行国家有关法律、法规，宣传节约用水，普及水科技知识”。
第（二）项修改为：“依法保护水利工程，维护工程设施安全”。
增加一项，作为第（三）项：“负责水利工程设施管理，保障正常运行”。
第（三）项改为第（四）项；第（四）项改为第（五）项。
十二、第九条改为第十二条，并修改为：“受益或者影响范围在一个行政区域内的水利工程，由所在行政区域水行政主管部门管理；受益或者影响范围跨行政区域的水利工程，由共同的上一级水行政主管部门责成专门机构管理，也可以委托主要受益或者受影响地区水行政主管部门管理。”
十三、第十条改为第十三条，第一款修改为：“大型水利工程的调度运用计划，由水利工程管理单位会同水利工程设计单位编制，报省水行政主管部门审查批准；中小型水利工程的调度运用计划，由工程管理单位编制，分别报设区的市、县水行政主管部门审查批准，并报上一级水行政主管部门备案。”
