自然保护区是人类社会在加速发展、推进工业化进程中，野生动植物生息繁衍的最好“避风港”，对保护水土、涵养水源、保护生物多样性、维护生态平衡，促进经济社会的可持续发展具有重要作用。建设自然保护区是多年来我省实施自然生态保护的一条行之有效的措施。各地、各部门要结合实际，在物种丰富，具有自然生态系统代表性、典型性，未受破坏的有重要保护价值的物种和生态系统分布区，特别是珍稀濒危物种集中分布区、天然林、重要水源涵养地和重要湿地，抢救性地新建一批自然保护区。要结合云南省野生种质资源库的建设，加强全省珍稀濒危植物引种繁育工作。“十五”期间要努力使全省新增自然保护区面积８０万公顷，自然保护区占全省国土面积的比例达到８％。各级政府及有关部门要采取有力措施，加强自然保护区的建设和管理，加大对自然保护区的投入，切实解决自然保护区“批而不建、建而不管、管而不力”等问题，确保我省丰富的生物多样性得到有效保护。
五、拓宽投资渠道，增加生态环境保护资金投入
各级政府要把生态环境建设和保护规划纳入经济和社会发展的长远规划和年度计划，保护对生态环境保护的投入；并随着经济的发展，逐年加大对生态环境保护的投入。同时要建立多元化、多渠道的生态环境保护投资机构，运用市场机制和价格手段，优化资源配置，推行有偿使用，提高资源利用率；按照“谁污染、谁治理；谁开发、谁保护；谁利用、谁补偿”的原则，征收排污费和逐步开征资源补偿费；要努力采用贴息和税收、信贷等优惠政策，促进生态保护和建设；同时积极利用国际金融组织和外国政府长期优惠贷款，努力争取国际组织和外国政府援助资金，鼓励外商、私营企业和个人以有偿或者无偿方式，直接投资生态环境保护建设项目。
六、以经济社会协调发展为目标，认真做好生态环境保护规划
按照《纲要》的总体要求，各地和各有关部门要抓紧制定本地和本部门的生态环境保护规划，明确目标任务，制定对策措施，并将规划纳入本地和本部门的计划。省政府责成省发展计划委员会和省环境保护局牵头，会同农业、林业、水利、国土资源、建设和旅游等有关部门，在各地和有关部门生态环境保护规划的基础上，今年内制定云南省生态环境保护规划，报省人民政府批准后发布实施。
同时，各地要抓紧建立重要生态功能保护区、重点资源开发区和生态功能良好区。“三区”的建立，先由各地提出申请，省环境保护局会同有关部门组成评审委员会评审，报省人民政府批准设立。“三区”的管理，以地方政府为主，环保、农业、林业、水利、国土资源等有关部门按照各自的职责加强对“三区”的指导、管理、保护与监督；在制定经济社会发展规划和重大经济技术政策时，应当依据“三区”生态功能要求，充分考虑生态环境承载能力，提出生态保护措施，切实加强生态环境保护，努力促使经济、社会、环境协调发展。
