政府举办的非营利医疗机构以定项补助为主，由同级财政核定后予以安排。补助项目包括：医疗机构开办和发展建设支出、事业单位职工基本养老保险制度建立以前的离退休人员费用、临床重点学科研究、由于政策原因造成的基本医疗服务亏损补贴、突发事件造成的群体性伤害医疗费用和对无主病人人道主义救助发生的医疗欠费。由于政策原因造成的基本医疗服务亏损扣除药品收支结余弥补后的差额，由同级财政给予补助，补助数额按照基本医疗服务的数量和单位服务量的社会平均成本核定。对中医及部分专科医疗机构给予适当照顾。
政府举办的社区卫生服务组织以定额补助为主，由同级财政核定后予以安排。主要根据社区卫生服务组织承担的社区人口预防保健和最基本的医疗服务任务核定补助经费。
各级政府卫生行政部门及卫生监督执法机构履行卫生管理和监督职责所需的经费由同级财政预算支出，在进行执法监督过程中取得的收入全部纳入财政预算管理。
疾病控制和妇幼保健等公共卫生事业机构向社会提供公共卫生服务所需经费，由同级财政统筹安排。人员、公务和业务经费的补助，按照标准定额及公共卫生事业机构承担的工作任务的情况核定。疾病控制和妇幼保健事业机构从事疾病控制、妇幼保健工作所取得的各项收入，按规定全部上缴财政专户，实行收支两条线管理，全部用于卫生事业。
政府举办的各类卫生机构的基本建设及大型设备的购置、维修，由政府按区域卫生规划的要求给予安排。卫生事业预算内基建投资项目主要包括：公立非营利性医疗机构、健康教育、疾病控制及妇幼保健等事业机构、卫生监督执法机构的新建、改扩建工程和限额以上的大中型医疗设备购置。其建设资金由同级计划部门根据项目功能、规模核定安排。基本建设项目要严格实施项目法人责任制，并按基本建设程序进行建设和管理。有条件的医疗卫生机构可以通过银行贷款、国外政府贷款、自筹和接受捐助等多种形式筹措资金，加快发展建设。
十、推进药品生产结构调整和药品流通体制改革。
按照国家产业政策和医药行业发展规划，严格药品生产企业准入条件，控制新增生产加工能力，制止低水平重复建设，不得增加供过于求的产品的布点。按照剂型类别，分阶段限期推行《药品生产企业质量管理规范》（英文缩写ＧＭＰ），限期过后仍达不到规范要求的不准生产。建立科学的新药审评机制，降低新药研制和审批管理成本，鼓励药品生产企业增加科技投入，开发新产品和特色产品，积极发展“生产、教学、科研”一体化的大型经济实体。
