全市医疗机构的性质核定后，要按照国家对两类医疗机构不同的财政、税收、价格政策和相应的财务会计制度进行分类管理。对现有政府举办的医疗机构改为其他非营利性医疗机构的，财政在３年内仍按现行政策继续给予补助，以保证其平稳过渡，在实施医疗机构分类管理过程中，要完善医疗机构分类管理的相关制度，加强对非营利性医疗机构国有资产的监管，规范其职工收入分配办法。
六、大力发展社区卫生服务。
各级政府及卫生、编制、计划、财政、物价、劳动保障、民政、人事、教育、规划、建设、计划生育等有关部门，要切实落实市政府印发的《广州市贯彻国家卫生部等十部委局关于发展城市社区卫生服务的若干意见》（穗府〔２０００〕２９号），按照各自的职责分工，积极完善有关配套政策与措施，促进我市社区卫生服务工作健康发展。社区卫生服务组织主要从事预防、保健、健康教育、计划生育和常见病、多发病、诊断明确的慢性病的治疗和康复；综合医院和专科医院主要从事疾病诊治，其中大型医院主要从事急危重症、疑难病症的诊疗，并结合临床开展教育、科研工作。争取到２００３年，全市建立起较为完善的社区卫生服务组织与综合医院、专科医院相互衔接的双向转诊制度及合理分工的医疗服务体系。
七、转变公立医疗机构的运行机制。
进一步完善院长聘任制，根据任职条件，采用公开竞争、择优聘任为主的多种形式任用公立医院院长，实行院长任期目标责任制。扩大公立医疗机构的运营自主权。
加强医疗机构的经济管理，实行全成本核算，提高效率、降低成本。积极实行医院后勤服务社会化，选择若干项目，通过医院联合等形式组建社会化的后勤服务集团。凡社会能有效提供保障的其他后勤服务项目，也逐步通过招标等方式交由社会去办，暂不具备社会化条件的，实行独立核算、自收自支、自负盈亏。
深化医疗卫生机构人事制度和分配制度改革。医疗卫生机构可在有关主管部门核定的编制数和专业技术职务结构比例范围内，根据业务发展需要，按照“精简、高效”的原则自行设置业务科室，自主决定高、中、初级专业技术岗位的设置。卫生管理人员实行职员聘任制，卫生专业技术人员实行技术职务聘任制，工勤人员实行合同制，打破行政职务、专业技术职务终身制，实行竞争上岗、双向选择，逐级聘用并签订合同。医疗卫生机构可根据有关主管部门核定的工资总额，自主确定各类人员的内部分配办法，建立体现“多劳多得、优劳优酬”的分配制度，把技术复杂程度、劳动强度、职业风险、职业道德、工作实绩与个人收入挂钩，按岗定酬，拉开分配档次。同时，要建立岗位考核制度和解聘、辞聘、告诫制度，加强聘后考核、管理，并把考核结果作为续聘、晋级、分配、奖惩和解聘的主要依据。要按照国家有关规定，妥善做好未聘人员的分流安置工作。
