清理整顿的基本目标是：通过清理整顿，力争用一年左右时间，使道路客货运输秩序基本好转，经营环境有较大的改善，政府对市场监管能力进一步增强，整体经营效益有较大增长，行业整体形象明显改善，服务质量显著提高，促进道路客货运输行业的健康发展。
城市出租汽车等公共客运交通秩序的清理整顿工作，按照《
国务院办公厅转发建设部、交通部等部门关于清理整顿城市出租汽车等公共客运交通意见的通知》（国办发〔１９９９〕９４号）的规定实施。
二、清理整顿的主要内容及措施
（一）清理收费项目，减轻经营者负担
各级财政、物价部门要会同交通、建设、公安等部门，对涉及道路客货运输的行政事业性收费和政府性基金项目进行全面清理。除法律、法规规定的以及国务院、财政部、国家计委、省政府及省财政、物价部门批准的行政事业性收费项目和国务院或财政部批准的政府性基金项目外，其他涉及道路客货运输的行政事业性收费和政府性基金项目一律取消；对符合国家规定的涉及道路客货运输的行政事业性收费和政府性基金项目，不得擅自扩大征收范围或提高征收标准；对国家和省政府已明令取消的行政事业性收费和政府性基金项目，仍未落实的，要予以严肃查处。全面清理客运站场对进站经营企业和车辆的收费，凡未按规定项目和标准执行的收费一律取消。在清理整顿期间，一律不得出台涉及道路客货运输的新的行政事业性收费和政府性基金项目。今后确需开征涉及道路客货运输的政府性基金，须经省政府同意后报财政部审批，重要的报国务院审批。开征涉及道路客货运输的行政事业性收费项目，一律报经省政府批准，并分别征得财政部、国家计委同意。
（二）打击非法营运，建立公平竞争的市场秩序
各级交通、建设、公安、工商行政管理等部门，要按照各自职责，强化对道路客货运输市场的监督和管理，开展打击非法营运的专项治理行动，整顿道路客货运输秩序。对未按规定领取交通运输管理部门核发的营运证件和超越核定范围经营的非法经营行为，坚决予以取缔，并按国家和省上有关规定进行处罚。各级交通部门要切实搞好运力调控，清理整顿期间要严格按照交通部关于企业资质评定的条件，从严控制新增运力的审批，防止运力的盲目增长，确保营运车辆合理的实载率，减少车辆相向空驶，制止恶性竞争；要加强对道路客货运输业户的开业审查和年度审验，结合清理整顿对经营业主进行一次全面审验，从经营资质和服务水平两个方面严把市场准入关。
