１、统计帐核查。首先对省、州（地、市）、县的统计报表逐级核对，再将县的统计报表与县内所有储存库点的统计帐进行核对；然后对被查库点的统计帐、保管帐进行集中核查，检查两帐帐面数是否一致。检查这些帐面数字是否真实，有无虚帐情况。
中储粮西安分公司要将代储库点的有关库存统计报表，在清查工作开始前一并交省粮食清仓查库领导小组办公室，然后由省清仓查库领导小组办公室交州、地、市级清仓查库领导小组，在州、地、市级交叉互查时负责组织核查。
２、库存实物清查。从核实后的帐面数入手，对被清查县全部库存粮食（含中储粮总公司西安分公司在当地的库存和省级企业、省级储备粮库存）逐仓、逐货位进行实物清查。实物清查采取以测量计算为主，测量计算与过秤检斤相结合的办法。清查实物前要由质量技术监督部门对所使用的计量仪器设备进行检定。
对异地存储、委托代储的粮食由委托方进行延伸清查。
３、帐面数与实物数核对。由于工作组到达日期与统计时点存在时间差，因此，要将实物清查出的粮食库存数量，扣除这段时间内发生的所有粮食出入库数量后，与保管帐、统计帐进行核对，确定该粮库统计时点的库存粮食是多少、帐实是否相符。
（三）粮食质量的检查。这次清仓查库涉及到粮食质量问题，主要是清查超期储存粮和陈化粮数量，核对进口小麦品种，检查是否有以次充好、掺杂使假、擅自串换品种等情况。陈化粮跨省抽样鉴定国家质量技术监督局《关于质量技术监督部门参加全国粮食清仓查库工作有关问题的通知》（质技监局监发〔２００１〕４０号）规定进行。
七、汇总上报
２００１年５月１日至５月８日，各地在完成清仓查库工作的基础上，逐级认真审核编制清查汇总报表，对清仓查库工作进行认真总结，并于５月１０日前，以州、地、市清仓查库领导小组为单位向省粮食清仓查库工作领导小组办公室提交清仓查库工作总结报告，并分别附本地区清查汇总报表。５月３０日以前，省粮食清仓查库工作领导小组办公室完成全省粮食清仓查库报表汇总和总结，并经省政府领导审核签字后，向全国粮食清仓查库工作领导小组办公室上报粮食清仓查库工作总结报告。
八、清仓查库经费
这次粮食清仓查库工作任务重，工作量大，涉及部门多，费用开支大。按照国家规定，这次清仓查库所需费用原则上由地方财政专项列支，国家财政给予适当补助。根据我省实际情况，这次清仓查库经费除国家补助的以外，差额部分全部由省财政专项列支。为确保全省粮食清仓查库工作正常开展，清仓查库所发生的费用，省财政预拨给省和州、地、市粮食清仓查库领导小组办公室，设立专户，专款专用，严格管理，不得挪作他用。清仓查库工作结束后，由省财政厅对各地上报的清仓查库经费支出决算进行审核，对不合理的开支和挤占挪用资金将在下年度下达各地的财政预算中扣除。
