五、理顺药品流通体制。在鼓励公平竞争、优质服务的同时，培植和发挥国有医药经营企业的主渠道作用，批发企业要向“少、大、强”方向发展，鼓励现有批发企业以改组、联合、兼并、入股等方式，进行资产重组，逐步减少批发企业数量。批发企业要实行集中采购，统一配送，经销代理，鼓励有条件的大型批发企业将市、县级批发企业改组为区域性的配送中心。医药零售企业要向集约化方向发展，推行零售企业连锁经营，鼓励通过ＧＳＰ认证的药品零售连锁企业跨地区开办连锁店。要积极慎重地进行药品电子商务试点，并探索有效监督管理办法。近期暂停审批和登记新设药品批发企业。
六、逐步实行处方药与非处方药分类管理。要在继续抓好国家药品分类管理试点的基础上，逐步扩大试点范围，要选择一部分企业作不同层次的试点。要按照处方药与非处方药分类管理的规定，规范药品经或。逐步使患者持医生处方能够在医院的药房或定点药店购买处方药；非处方药可直接到药品经营企业购买，保证人民群众用药更加科学合理。
七、积极稳妥地进行药品集中招标采购试点。卫生行政部门和药品监督管理部门要加强对药品招标采购的管理，规范招标行为。要按照国家有关规定，选择一部分单位进行 标采购试点，摸索经验，逐步推广。要打破行业垄断，医院是招标采购的主体，可自行或者委托招标代理机构开展招标采购，招标采购药品的实际价格应报当地物价部门备案。招标采购代理机构应由省级药品监督管理部门会同卫生行政部门认定。通过招标采购，降低医疗成本，并从源头上治理医药购销中的不正之风。
八、实行医药分开核算，分别管理。对医疗机构的药品收入实行“收支两条线”管理，药品收支结余全部上缴卫生行政部门，纳入财政专户管理，合理返还。今后，门诊药房要逐步成为药品零售企业，独立核算，照章纳税。
九、加强药品、医疗器械、科研、生产、经营全过程的质量管理。逐步推行《
药品生产质量管理规范》（ＧＭＰ）、《
药品经营质量管理规范》（ＧＳＰ）、《药品非临床研究质量管理规范》（ＧＬＰ）、《
药品临床试验管理规范》（ＧＣＰ）和《中药材生产质量管理规范》（ＧＡＰ）。要强化医疗器械研制、生产、流通、使用的监督，把好药品、医疗器械质量关。
