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（２）河口和港湾治理。河口的整治，必须遵循有利于泄洪、维护潮汐吞吐、便利航运、保护渔业、改善生态环境的原则，规划到２００５年前重点整治好洪奇门、磨刀门、横门、蕉门、新津河、外砂河、莲阳河、练江、螺河、大隆洞河、漠阳江、鉴江等出海河口；到２０１０年前完成虎门、虎跳门、鸡啼门、崖门、龙江、黄江、赤石河、九洲江、南渡河、儒洞河等出海河口及浅海区的整治。
结合国家“碧海行动”计划的实施，加强港湾的生态环境保护，实行污染物排放总量控制制度和水产养殖容量和密度控制制度，加强面源污染控制。重点抓好珠江口和大亚湾、拓林湾近岸海域水质的保护。
（３）滩涂围垦和填海的治理。严格控制滩涂围垦和填海是省政府保护海洋生态环境的重要政策。解放以来，全省已围垦滩涂（海域）面积达１５．６万公顷，由于大部分围、填海项目没有经过科学论证和严格执行环境影响审评制度，给海洋生态环境造成严重的破坏。因此，为进一步制止乱围垦、乱填海现象发生，规划期内特划出５８处滩涂（或海区）作控围区。具体有饶平的柘林湾、海山岛海域；南澳的青澳湾、竹栖肚湾、深澳湾、后江湾、长山尾至猴鼻尖海岸，汕头港（含牛田洋）、汕头拦沙堤外侧、韩江口门；汕尾的品清湖、白沙湖、长沙湾；惠州的考洲洋、范和港、大亚湾；深圳的大鹏湾、深圳湾、前海、交椅湾、狮子洋两岸、伶仃洋两岸、虎门、蕉门、洪奇门、横门、鸡啼门、磨刀门、崖门、虎跳门等口门；珠海的淇澳岛海域、香洲湾、磨刀门横洲南、横琴岛海域、黄茅海；台山的广海湾、南边海、镇海湾、上川岛大湾、下川岛王府洲至南澳港；阳江的北津港、丰头河、洋边海、闸坡渔港；茂名的水东湾、博贺渔港、莲头湾；湛江的鉴江口、湛江港、通明海、新寮岛群海域、南渡江口、外罗渔港、流沙渔港、乌石渔港、海康渔港、企水渔港、安铺渔港、英罗渔港等。每个围、填海项目必须经过科学论证，由省政府审批。同时，加强对现有围填海工程的检查和清理。对破坏红树林以及海洋生物种苗场、产卵场和洄游通道或有争议的围垦项目必须立刻停止；对不符合规划的围垦工程，按照“谁设障，谁清理”的原则，由项目所在市、县人民政府组织清理。
（４）沿海防护林建设。沿海防护林体系是海岸生态平衡的主体。规划期内必须进一步完善和保护，计划到２０１０年沿海防护林带达到３０４２．２６公里，红树林面积３．４７万公顷，分别比１９９９年增加２２１．１１公里和１．８６万公顷。
３．海洋自然保护区建设。海洋自然保护区是海洋自然资源、生态系统恢复和保护的良好场所。规划期内继续扩大自然保护区的数量和范围。计划到２０１０年海洋、海岸类型自然保护区达到３２个，面积２９．９３万公顷，占全省内水面积的６．１％。近期重点抓好国家级珠江口中华白海豚自然保护区，惠东港口海龟自然保护区，大亚湾水产资源自然保护区，徐闻西海岸珊瑚自然保护区，南澎勒门列岛海洋特别保护区，神泉湾、海陵湾、水东湾等水产资源自然保护区，汕尾、江门、惠东、惠阳、珠海、阳江、茂名、湛江英罗湾等红树林保护区，荷包岛常绿阔叶林自然保护区，珠江三角洲湿地自然保护区，东沙群岛珊瑚和鸟类自然保护区，饶平海山岛海滩岩自然保护区，南澳候鸟自然保护区，大万山岛侵蚀海岸地貌自然保护区，硇洲岛灯塔和海蚀地貌景观保护区，电白水东炮台－－宴镜海岸地貌自然保护区，小梅沙、上川岛地质遗址和古生物遗迹自然保护区的建设。
（二）海域、海岸开发利用。
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