省每年安排的科技三项费用，有关部门要安排一定比例的资金，择优支持具有技术开发能力的乡镇企业。对乡镇企业承担的高新技术产业化重点项目给予贴息，具体办法按豫高新〔１９９９〕２号文件规定执行。经省认定的高新技术重点项目自投产之日起两年内，所上交的所得税由财政部门全部用于支持企业发展；两年后，可通过财政支持，使其所得税实际税赋为１５％；对其投产之日起两年内所征增值税地方留成（２５％）部分，经同级财政部门批准后，８０％用于支持该企业的发展。
乡镇工业企业开发新产品、新技术、新工艺所发生的技术开发费用，比上年实际增长１０％以上（含１０％），其当年实际发生的技术开发费，除允许在缴纳企业所得税前扣除外，经税务机关审核批准，允许再按技术开发费实际发生额的５０％，抵扣当年度的应纳税所得额。乡镇企业开发新技术、研究新产品所购置的关键设备、测试仪器部台在１０万元以下的，可以一次或分次摊入管理费用。达到固定资产标准的应单独管理，不再提取折旧。
凡在我国境内投资于符合国家产业政策的技术改造项目的乡镇企业，其项目所需国产设备投资的４０％可从技术改造项目设备购置当年比前一年新增的企业所得税中抵免。乡镇企业每一年度投资抵免的企业所得税额不得超过该企业当年比设备购置前一年新增的企业所得税税额。如果当年新增的企业所得税税额不足抵免时，未予抵免的投资额，可用以后年度企业比设备购置前一年新增的企业所得税税额延续抵免，但抵免的期限最长不得超过５年。实行投资抵免的国产设备，企业仍可按设备原价计提折旧，并按有关规定在计算应纳税所得额时扣除。乡镇企业已经享受投资抵免的国产设备，在购置之日起五年内出租、转让的，应在出租、转让时补缴设备已抵免的企业所得税税款。
鼓励大型乡镇企业集团和重点骨干企业建立乡镇企业科研机构、企业技术中心。企业技术中心的设施建设，免征城市建设配套费。乡镇企业科研机构、技术中心因开发新技术、新产品需进口国内不能生产供应的仪器、仪表、化学试剂和技术资料，免征关税和进口环节增值税。
乡镇企业自主开发（含二次开发）的高新技术成果经认定后，对主要完成人，视其贡献大小，在实施成果转化后实现的税后利润中，前３年可提取１０％－－１５％，后３年可提取５％－－７％，作为回报。企业自主开发的非本企业主导经营领域的高新技术成果经认定后，在实施成果转化后实现的税后利润中，对主要完成人，视其贡献大小，前３年可提取２０％－－３０％，后３年可提取１０％－－１４％，作为回报。
鼓励和支持乡镇企业进行污染治理。乡镇企业实际上缴的排污费，应按照法律法规集中用于乡镇企业污染源治理。乡镇企业为完成限期治理任务所建设的综合利用项目和污染治理工作，其投资３年内免征配套费及其它附加费。对按照规定期限和内容完成限期治理任务的排污单位，经验收合格，使用污染治理专项基金的，可按照规定豁免一定数额的本金。乡镇企业利用《
资源综合利用目录》中列举的废渣生产的建材产品，凡废渣掺兑量在３０％以上的，按规定免征增值税；利用废水、废气、废渣等废弃物为主要原料进行生产的产品，可在５年内减征或者免征所得税。
