科研机构事业费减拨到位后，其自选课题（或国家资助少于３０％的）形成的资产（包括无形资产）可部分用于以形式奖励贡献较大的职工，其中贡献突出者最多可占这部分资产的３５％。科研机构出让土地使用权所获得的土地使用权出让金的８０％可返还该科研机构，用于科研开发、科研生产条件改善以及下岗职工的安置。
科研机构转制为股份制企业，可用已完成或正在实施的职务科技成果设立不超过注册资本３５％的技术股份（另有约定的除外），并可提取其中２０％的比例划给该项科技成果完成者和成果转化的主要实施者。
（十一）要努力保证国有资产保值增值。转为有限责任公司或股份有限公司的科研机构，必须按照《
中华人民共和国公司法》的规定运作；转为其他形式企业的科研机构，在保证国有资产保值增值的前提下，其余部分收益可由企业自行支配。
（十二）转制后的科研机构原有正常科学事业费，由财政部门继续拨付，主要用于解决转制前离退休人员的社会保障问题。进入高等学校或与高等学校合并的科研机构，其人均事业费低于高等学校标准的，由负责高校事业费的省级财政从每年增加的教育事业费中予以补足。
（十三）开发应用型科研机构减拨的事业费，从２０００年起全部转作技术开发研究专项资金，由省财政厅与省科技厅共同管理，主要用于转制的科研机构从事高新技术产品开发或以工程技术为目标的应用开发研究，以促进科研机构的持续创新能力。对应转制的科研机构，在科技攻关计划、产业化计划和工程技术研究中心、中试基地、重点实验室建设经费安排上都要予以重点倾斜。
（十四）省财政视财力情况安排一定数量的体制改革专项经费，主要用作科研机构转制为企业的启动费（最多不超过２年），第一年安排３０００万元，第二年视财力情况再定。
（十五）金融部门对转制的科研机构的高新技术项目优化给予贷款支持。其贷款担保资金可由省发展高新技术产业专项资金、高科技风险投资基金和省中小企业信用担保资金提供。
（十六）对高新技术产品的出口，实行增值税零税率政策。对用于科学研究的先进仪器设备的进口仍按有关规定实行税收扶持政策。
（十七）在保留事业法人性质的科研机构内，全面推行聘用制，科学设岗，按岗聘用，竞争上岗，可高职低聘，也可低职高聘。转为企业、进入企业的科研机构实行企业用人制度。
（十八）科研机构转制为企业后，企业工资分配自主，实行按岗定酬、按任务定酬、按业绩定酬的企业化效益工资分配制度。
