２０００年，由市科委组织有关专家和部门对院所实施“一定两改三高”工程目标责任制情况进行全面验收，并作出评价及奖惩意见。
对于没有通过验收或严重完不成考核指标的，要予以通报批评。
二、指标基数的核定及挂钩办法
（一）、各项指标的制定，必须积极先进，有一定压力，并留有一定余地，原则上以１９９５年实际完成数为基数，同时要有较大幅度增长。各单位提出的年度考核指标需经主管局（总公司）核实、市科委、市人事局核准后，方为被确认。
（二）、挂钩办法
１、实行工资总额与“三高”指标完成情况挂钩的单位，挂钩的主指标为单位当年实现的总收益。具体挂钩办法另定。
２、实行奖励基金与“三高”指标完成情况挂钩的单位，挂钩的主指标为单位当年实现的净收益，具体办法另定。
三、其它有关规定
１、“一定两改三高”工程目标责任制实施期限为五年，即１９９６年—２０００年。１９９７年下半年，院所对“一定两改三高”工程目标责任制协议书内容可提出修改及调整申请，经市科委及有关综合部门、上级主管部门同意后，予以确认。
２、在“一定两改三高”工程目标责任制实施期限内，对所（院）长的调整与任免，要事先征得市科委同意。
３、院所实施“一定两改三高”工程目标责任制成效显著，超额完成年度考核指标，院所长的收入可高于本单位职工平均收入的一至三倍，或获得一次性奖励，或采取岗位津贴加一次性奖励的办法。
４、在出现以下情况时，院所可提出申请，修改或解除“一定两改三高”工程目标责任制协议书：
（１）、由于经营管理不善，给院所造成重大损失的，市科委和主管局（总公司）有权提出解除协议。
（２）、由于不可抗拒的因素使协议无法履行或需作调整时，市科委、主管局（总公司）与科研院所可协商调整指标或解除协议。
四、为进一步深化运行机制改革，允许具备一定条件的科研院所进行以发展高新技术产业、保证国有资产增值为目标，以进一步放开人员聘任、资产经营、收益分配等自主权及建立相应保障体系为主要内容的改革试点（试点办法另定）。
五、本办法由市科委会同有关委、办、局负责解释。
