十二、第二十二条第一款中的“由土地管理部门报同级人民政府批准无偿收回土地使用权”修改为“经原批准机关批准，由县级以上人民政府无偿收回土地使用权”。第一款和第二款中的“按亩产值的三倍收取土地闲置费（荒芜费）”修改为“按照被占耕地前三年平均年产值的３倍收取土地闲置费”。删除第三款中的“土地荒芜费”。
十三、第二十三条修改为：“非农业建设临时使用基本农田的，应当按照该土地前三年平均年产值确定和支付临时使用土地补偿费，并应当在临时用地期满后三个月内恢复原种植条件。”
十四、第二十八条第一款中的“由其主管机关或者监察机关对有关领导人和直接责任人给予行政处分”修改为“依法给予行政处分”。第二款修改为：“破坏或者擅自改变基本农田保护区标志的，由土地行政主管部门责令其恢复原状，可以并处５０元以上１０００元以下的罚款。”第十一条中的“擅自移动”相应地修改为“擅自改变”。
十五、删除第二十九条。
十六、第三十条中的“恢复农业生产条件，并处以每平方米１５元以上３０元以下的罚款”修改为“恢复土地原状，可以并处每平方米１５元以上３０元以下的罚款”。
十七、第三十一条中的“恢复土地的农业生产条件，并处每平方米１０元以上１５元以下的罚款”修改为“恢复土地的原种植条件，处占用基本农田的耕地开垦费１倍以上２倍以下的罚款”。
十八、第三十二条修改为：“违反本办法第二十条、第二十二条规定，挪用、截留或者擅自减免耕地开垦费、土地闲置费的，由上级人民政府或者有关部门追回挪用、截留的资金，追缴减免的资金；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分或者纪律处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。”
十九、第三十四条增加一款，作为第二款：“当事人认为土地行政主管部门的具体行政行为侵犯其土地所有权或者使用权的，应当先申请行政复议，对行政复议决定不服的，再依法提起行政诉讼。”
二十、第三十五条中的“由其所在单位或者上级机关给予行政处分”修改为“依法给予行政处分”。
