十一、删除第二十二条第一款，将第二款中的“并按亩年产值的２倍至３倍收取土地荒芜费”修改为“并按照被占耕地前三年平均年产值的３倍收取土地闲置费”。
十二、第二十三条修改为：“非法批准占用土地的，其批准文件无效，非法批准占用的土地应当收回，有关当事人拒不归还的，按非法占用土地处理；对非法批准占用土地的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
非法批准占用土地，对当事人造成损失的，应当依法承担赔偿责任。”
十三、第二十四条第一款中的“并按每平方米１元至５元处以罚款”和第三款中的“并按每平方米３元至５元处以罚款”分别修改为“按每平方米１０元至３０元处以罚款”。在第二款后增加“处以非法占用土地每平方米１０元至３０元的罚款。”
十四、第二十五条第一款中的“并按每平方米１０元至２０元处以罚款”修改为“可以按照耕地开垦费的１倍至２倍处以罚款”；第二款修改为：“不履行或者不按照规定履行土地复垦义务的，责令限期改正；逾期不改正的，责令缴纳复垦费，可以视情节按照土地复垦费的１倍至２倍处以罚款。”
十五、第二十六条第一款修改为：“侵占、挪用土地补偿费、安置补助费和其他有关费用的，责令退还或退赔，尚不构成犯罪的，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。”
十六、第二十七条第一款修改为：“买卖或者以其他形式非法转让土地的，没收违法所得；对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施，并可以按照违法所得的１０％至５０％处以罚款；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。”
该条第二款中的“非法所得”修改为“违法所得”。
十七、删除第二十九条。
十八、第三十条修改为：“对违反本条例第十六条规定，继续强行施工的，土地行政主管部门有权拆除其续建部分，并查封其施工设备和建筑材料。当事人对拆除行为不服起诉的，人民法院应当受理。”
