第五条 非农业生产建设占用水浇地的，在征收“征地管理费”的项目，按获得土地使用权所发生费用的３％向用地单位征收水利建设基金。社会福利和经济适用住房以及军队、学校用地，免征水利建设基金。
第六条 全区新增农牧业税收７０％用于农业基础设施建设部分中的４０％的资金，纳入水利建设基金。
第七条 全区有重点防洪任务的城市从征收的城市建设维护税中划出１５％的资金用于城市防洪建设。
全区有重点防洪任务的城市包括：呼和浩特市、包头市、乌海市、赤峰市、海拉尔市、牙克石市、根河市、额尔古纳市、满洲里市、扎兰屯市、乌兰浩特市、阿尔山市、通辽市、霍林河市、锡林浩特市、集宁市、丰镇市、临河市。
第八条 经自治区人民政府批准征收的用于水利工程和防洪设施建设的各项基金（资金、附加、收费），统一纳入自治区级水利建设基金。
第九条 政府性基金（收费、附加）中提取的水利建设基金，由各级财政部门按其实际收取额与同级计划、水行政主管部门核实后直接划转水利建设基金专户。
第十条 从年度新增财政收入和城市维护建设税中提取的水利建设基金，由各级财政部门直接划转水利建设基金专户。
第十一条 向非农业生产建设占用水浇地单位征收的水利建设基金，由批准用地的土地管理部门代征，并按季度缴入同级财政部门水利建设基金专户。
第十二条 从新增农牧业税收７０％用于农牧业基础设施建设的部分中提取的水利基金，由各级财政直接划入水利基金专户。
第十三条 水利建设基金是政府性基金，是政府用于水利建设的无偿投入，免征一切税费，纳入各级财政预算管理，专项列收列支。每年年初由各级水行政主管部门根据政府安排的水利建设规划和年度水利建设计划，向同级财政部门报送年度基金使用计划，经同级财政部门审核后按计划拨付同级水行政主管部门。其中，用于水利基本建设的水利建设基金，要分别纳入同级基本建设投资计划。水利建设基金实行专款专用，年终结余可结转下年继续使用。
第十四条 各代征代缴单位必须使用自治区财政厅统一印制或监制的行政事业性收费专用票据，并从代征的水利建设基金中提取２％用于代征过程中的正常开支。
