出现以上问题的主要原因是，一些地方和部门对农保基金的特殊性认识不足，把农保基金视为本地区、本部门所有，随意支配；一些地方和部门未能认真执行国家和省有关农保基金管理规定，管理不规范，监管不力，把关不严。
三、对农保基金管理中存在问题的处理意见
对农保基金的管理和使用，国务院以及国家民政部、劳动和社会保障部、省政府及有关部门曾多次作出明确规定，基金使用只准存银行、购买国债，必须坚持专款专用。１９９７年８月发布施行的《
江苏省农村社会养老保险办法》（省人民政府令第９３号）规定：“保险金管理实行专帐管理，专款专用。任何单位和个人都不得平调、挪用、截留和侵占保险金。任何单位和个人不得使用保险金直接投资、拆借、抵押或者作其他形式的担保”。为进一步加强农保基金的管理，认真贯彻落实国家和省有关规定，严肃纪律，现提出如下处理意见：
（一）健全规章制度，严格基金管理。农保基金必须专款专用，只准存入国有商业银行、买国债，任何单位和个人都不准挤占挪用，不准直接放贷，不准用于抵押担保，不准拆借截留。基金运营要严格操作规程，规范管理，确保基金安全增值。
（二）对已被直接投资、放贷的农保基金，要采取有力措施，加大力度，清理回收。按照“哪一级批准，哪一级负责”、“谁放贷，谁收回”的原则，属于政府决定或政府领导同意的，由当地政府组织有关部门负责落实；属于主管部门或农保经办机构自行决定投资、放贷的，由主管部门或农保经办机构负责落实。要制定清理回收计划，限期收回，清理回收任务于２０００年上半年结束，并将回收情况及时上报省有关部门。
（三）对农保经办机构在银行开设的帐户进行彻底清理。除按规定在国有商业银行开设帐户外，对存在农村合作基金会、投资公司等其他非银行金融机构的农保基金，要抓紧结算，近期内全部转存国有商业银行或购买国债。
（四）根据财政部、劳动和社会保障部（财社字〔１９９９〕２２号）文件规定，社会保险经办机构不具备担保资格，各类社会保险基金不得用于担保和抵押。因此，凡用农保基金提供的担保和抵押，要进行清理，并采取措施。社会保险经办机构不承担经济实体或其它企业债务的经济连带责任，任何机构不得用农保基金偿还任何债务。
（五）挪用农保基金已形成固定资产的，必须尽快通过转让、拍卖等形式变现并归还基金。经办机构或其他单位临时占用的农保基金要及时归还，一时难以归还的，要制定还款计划，限期收回。以各种名义动用、划拨的农保基金和管理费，应按规定标准计息。
