５、实行机构编制的分类管理。首先，按社会事业发展的布局结构和经济建设需求的轻重缓急，从总量上适度分类进行控制。其次，按事业单位的社会职能和创收能力，分别制定不同的事业单位管理办法。第三，按全额、差额、自筹等经费核拨形式和不同的事业兴办主体，采取宽严有度的编制管理。
　　６、规范事业单位的名称。事业单位的名称要体现自身的特点，并与党政机关、企业和社会团体和名称相区别，事业单位一般称院、校、所、台、社、团、中心等。不符合名称规范的事业单位，在这次机构改革中要结合事业单位法人登记进行清理和规范。
　　７、促进事业单位实行“两个过渡”和“两个转变”，逐步减少事业单位的财政补贴。根据事业单位经费自给率（年经常性收入占本单位支出比例），确定全额拨款事业单位向差额补贴事业单位过渡；差额补贴事业单位向自筹经费事业单位过渡。实现自筹经费的事业单位向企业化管理转变；以生产经营活动为主的事业单位直接转变为企业。
　　８、严格财政预算管理和差额财政预算管理的事业单位的机构编制审批制度。各类事业单位的机构设置、变更、人员编制事宜，均由机构编制部门统一管理。设立会计、审计、律师等事务所，工程勘测设计单位，各类学校、资产评估机构及法律、法规有特殊规定的机构，须经行业主管部门资格审查后报同级编委审批，并按有关规定报上一级机构编制部门备案。
　　９、建立编制管理与财政预算有机结合的制度，提高政府在事业投入上的产出效益。参照国民经济增长率和财政支付能力，对事业单位的人员增长按适当比例控制，并根据事业机构运作效益情况，适时发迹和调整经费核拨形式与编制数额。
　　１０、逐步实现事业单位兴办主体多元化和所有制结构多样化。除涉及保密及政策规定必须由国家举办的事业单位外，其余各类事业单位都可以鼓励各种社会力量共同兴办，建立以公有制为主体，多种经济成分共同发展的事业单位所有制结构。鼓励和支持事业单位按照市场经济的要求，进行产权制度改革，优化资本结构和资源配置。允许事业单位实行出售、兼并、租赁、股份制及合营、组建事业集团等多种形式的改革。
　　１１、科研、教育、文化和医药卫生等部门的事业单位体制改革。要按照上述规定的要求，加大力度，加快步伐。对有面向市场能力的社会公益性服务机构、科研开发机构，要大胆借鉴和引用符合市场经济规律的企业改革的成功经验，进行机构重组或股份制改造，促进其向企业化转制，成为科技型企业、进入企业或转为企业性质的中介服务机构。

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