改革的基本原则是：
１、政事分开的原则。理顺关系，从职责功能、组织形态、管理方式等方面，将事业单位与政府机关区分开来，使政府机构和事业单位各司其职。对暂时划分有困难，不能一步到位的部门和单位，也要从职能和管理上对现有格局进行适当调整，采取授权或委托的形式，区别政事职能关系。
２、统一综合管理的原则。改变目前事业单位部门所有的现状，建立完备的事业法制体系和规范的事业社会化服务体系。推行事业单位法人登记和事业单位效益评估制度。将事业机构编制管理和事业财政预算统一起来，逐步建立统一的社会事业发展管理机制。运用法律、经济、行政等手段，实现政府对社会事业协调发展的统一综合管理。
３、分类改革的原则。对现有事业单位的机构和人员进行精简和调整。一是要根据事业单位的社会功能、经费形式、运行机制进行科学分类；二是要对不同类型事业单位，采取不同的改革和管理办法。对从事基础性工作，承担社会公益事业任务，不能完全实行经营创收的事业单位，应实行财政全额预算管理或财政差额预算管理，严格控制机构编制。对直接从事生产经营和应用技术研究开发、可由市场配置资源的单位，推动共尽快进入市场。将国家对事业发展的投入，真正体现到社会效益的实现和增长上来。
４、分步实施的原则。改革必须从实际出发，区别情况，因“事”制宜，切忌简单化和“一刀切”。根据不同情况和成熟条件，制定改革的阶段性实施方案。在突出重点的同时，统筹兼顾、协调进行。
二、改革的主要内容和措施
１、逐步取消事业单位机构的行政级别。根据事业单位的性质、规模、地位、作用、社会效益、经济效益等综合条件，分类分步取消事业单位机构的行政级别。对行政执行类事业单位或对取消行政级别条件暂不成熟的事业单位，视实际情况可暂定事业单位的行政级别，或确定其主要领导人的行政级别待遇。
２、简政放权。改变目前事业单位在设置、服务对象上条块分割的现状和对行政机关的隶属关系，加快事业单位从依附型向自主型发展。在下放对事业单位人、财、物等具体管理权的同时，将政府部门承担的某些具体事务性、服务性、辅助性、技术性工作交给事业单位。
３、合理划分政事职责，重新界定职能。事业单位承担的行政职能原则上划归行政机关。对政事职责联系紧密，一时难以划分的，可按审批权限批准，通过地方法规、行政规章、党委和政府决定授权或委托明确事权现任关系。同时，把从党政机关分离出来的一些辅助性、技术性、服务性工作交给事业单位。党政机关与事业单位要按照各自的社会职能、管理规范、行为准则有效地运行。
４、科学设置机构，合理确定编制。对财政预算管理和财政差额预算管理的事业单位，要严格控制其人员编制和机构规模。对规模过小、工作单一、条块分割而重复设置的事业机构，区别情况予以撤并；对任务严重不足、长期不出成果、社会效益差的单位，要坚决压缩或撤销。对批准成立六个月后尚未实际运转的，收回编制，撤销机构。通过撤、简、并、转，精简事业机构编制。财政预算管理的事业编制人员，精减幅度不少于２５％。其中１０％用于聘用大中专毕业生，调整人员结构，提高队伍素质，缓解大中专毕业生的就业压力。
