（二）正确处理工程灌溉与水面开发的关系，要兼顾各方利益。应划定汛限水位和养殖最低水位，经营者应按照合同规定保证抗旱灌溉用水。因抗旱需要而造成养殖损失的，可以通过减免租金或从转让工程收益中划出一定资金予以适当补偿。
（三）正确处理管理体制改革与职工安置的关系，要坚持公平、公开、公正的原则，引入竞争机制，实行公平竞争。参与者不受身份、职业和地区的限制，但在同等或相近条件下，应优先满足本工程单位的职工和当地群众。国有水利工程管理体制改革，更应优先考虑内部职工，通过深化内部改革，广开就业门路，妥善安置富余人员。
（四）正确处理水利工程所有权与使用权、建设权的关系，防止水利国有资产流失。水利工程管理体制改革的目的是明晰产权，放开建设权，搞活经营权。在实施改革过程中，必须认真按规定进行产权界定和资产评估，规范产权转让行为。承包、租赁、拍卖的期限应从实际出发，既要防止急功近利，短期行为，又要考虑可变因素，兼顾工程所有者和经营者双方的利益。在规定的年限内允许继承和转让，凡群众筹资自建自行经营的小型水利工程，所有权及经营受益权归建设者。要加强回收资金的监管，承包、租赁、拍卖水利工程和农村四荒等所得的资金要上交财政专户管理，保证用于水利工程的维修、改造和建设，严禁挪作他用。
四、要切实加强对水利工程管理体制改革的领导
水利工程管理体制改革，涉及国家、集体和个人的利益，事关农村经济发展和社会稳定的大局，各级政府务必切实加强领导，特别是县、乡两级政府要把水利工程管理体制改革作为新时期加快水利发展的重要措施来抓，周密部署，精心组织，抓好落实，及时解决改革中出现的各种矛盾。各级水行政主管部门要充分发挥职能作用，积极当好政府的参谋助手；要加强行业管理，切实搞好规划、协调、监督、服务和指导，并对改革工作进行督查和监管，决不能“一改了之”。
水利工程管理体制改革是一项系统工程，各有关部门要密切配合，主动参与，加强指导。各级计划、财政、国有资产管理、体改、物价、土地管理等部门要明确分工，落实责任，积极支持和推进这项改革。有关中介机构要积极为改革提供优质、优惠服务。省电力工业局所属水电企业的改革，可按中央有关规定执行。
要同步实施和完善相关的改革措施。特别是要加快水价改革，按照国家关于水价的有关规定，农业灌溉用水逐步按成本计价；城乡生活及工业生产用水根据国家水价政策和成本补偿、合理收益的原则确定水价，新建供水工程实行新水新价。
实行促进水利工程管理体制改革的政策。水利工程土地使用权的有偿使用，须经有批准权的人民政府审批；转让水利工程的国有土地使用权，受让方应向所在地土地管理部门办理土地使用权有关手续，并按规定缴纳土地使用权出让金等土地有偿使用费。凡对水利工程权属内的荒山荒地进行治理开发的，属新开荒山荒地的，自有收入起，免征农业特产税一至三年；属新开发滩涂水面的，自有收入起，免征农业特产税一年。简化县、乡兴建小型水利工程的审批手续，严格按国家规定的项目和标准收费。
