乡村两级不良债务形成的原因较为复杂，要彻底消化处理难度较大。在清理过程中要处理好以下几个方面的关系，为清理工作创造一个良好的社会氛围。
　　１．妥善处理清查工作与农村合作基金会清理整顿的关系。既要明确乡村集体经济组织与农村合作基金会债务、债权关系，又要贯彻落实中央关于清理整顿农村合作基金会的有关政策规定。
　　２．妥善处理清查工作与减轻农民负担的关系。不得将乡（镇）人民政府和乡村集体经济组织所欠债务转向农民摊派。对于农民群众欠缴乡村集体经济组织的款项，要区别对待，其中合理的，应当帮助群众发展生产，制订计划，逐步催缴；对不合理的，要坚决取消，不再催缴。
　　３．妥善处理清查工作与农村经济发展的关系。既要注意维护债权的合法权益，又不能因此影响乡村集体经济组织的正常生产经营活动和农村经济发展的大局。对一时难以偿还的债务，要帮助乡村集体经济组织研究提出切实可行的解决办法，逐步偿还。
　　４．要注意保持农村的稳定，掌握好宣传力度，以正面宣传为主。对反面的报道，要从严掌握，必须经当地人民政府批准。
　　（四）建立健全规章制度，防止新增不良债务。
　　清理乡村两级不良债务工作，要与建立健全各种规章制度结合起来，坚决制止新的不良债务增加。为防患于未然，必须实行“四不准”，并建立健全“四项管理制度。”
　　“四不准”是：
　　１．不准以为民办公益事业或发展集体经济的名义盲目举债乱铺摊子。乡（镇）村举办的公益事业，必须坚持量入为出的原则，有多少钱办多少事。兴办生产经营项目，一是要做好可行性研究，适应市场需求，讲求经济效益，实行科学决策；二是乡（镇）兴办的，要经过领导班子成员集体研究决定，村办的，要经过村民大会或村民代表大会讨论通过。
　　２．乡（镇）人民政府不准直接办企业。乡村集体经济组织所属企业都应实行独立核算，成为自主经营、自负盈亏、自我发展的经济实体，不准把所形成的债务向农民转嫁或摊派。
　　３．乡（镇）人民政府不准为企业提供担保和抵押。不准挤占和挪用集体资金或迫使集体经济组织借（贷）款上缴税费，乡村两级也不得为完成交费和摊派任务而借债、垫款。
　　４．不准乱开支。乡（镇）人民政府要坚决精简超编人员，清退自行招聘人员，下决心减少开支，从严控制村定额补干部的人数和补贴标准，严格控制乡（镇）村管理费和招待费开支。
　　“四项管理制度”是：

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