经验收不符合要求的，必须缴纳征用土地补偿费一倍以上二倍以下的耕地开垦费”；删去“（一）征用一级基本农田的，应缴纳征地费总额二倍的耕地造地费；（二）征用二级基本农田的，应缴纳征地费总额一倍的耕地造地费”；第二款“因非农业建设需要，临时使用基本农田使其遭受严重破坏的，按年产值征收耕地造地费”修改为“因非农业建设需要临时使用基本农田使其遭受损毁的，按其损毁的程度缴纳耕地复垦费，但最高不得超过征用土地补偿费的二倍”；第三款“国家兴办的交通、能源、水利、国防军工等大中型建设项目，经省人民政府批准，可以减免耕地造地费”修改为“占用基本农田的单位应当按照县级以上人民政府的要求，将所占用基本农田耕作层的土壤用于新开垦耕地、劣质地或者其他耕地的土壤改良”。
十一、条例第十八条：“耕地造地费、闲置费、荒芜费”修改为“耕地开垦费、闲置费、复垦费”。
十二、条例第二十五条：第一款“建设单位经批准征用基本农田一年未动工兴建的，应按基本农田年值一至二倍缴纳闲置费，未经原批准机关同意，连续两年未使用的，由县级以上人民政府国土行政管理部门报同级人民政府批准，收回土地使用权，注销土地证书”修改为“建设单位经批准征用基本农田１年未动工兴建的，应按基本农田年产值一至二倍缴纳闲置费；连续２年未使用的，经国务院批准，由县级以上人民政府无偿收回用地单位的土地使用权”；第三款“违反本条例逾期不缴纳基本农田闲置费、荒芜费的”修改为“违反本条例逾期不缴纳基本农田耕地开垦费、复垦费的”。
十三、条例第二十七条：“责令恢复原状或赔偿损失，并处以２００元至５００元的罚款”修改为“由县级以上人民政府土地行政主管部门或者农业行政主管部门责令恢复原状或赔偿损失，并处以５００元至１０００元的罚款”。
十四、条例第三十一条：“单位非法占用基本农田保护区耕地的造地费或者闲置费的，由县级以上人民政府有关部门责令退赔，可以处以非法占用款额三倍以下的罚款，对负有直接责任的主管人员和其他直接责任人员由所在单位或者上级机关给予行政处分；个人非法占用的，以贪污论处”修改为“侵占、挪用基本农田耕地开垦费、复垦费、闲置费，构成犯罪的，依法追究刑事责任；尚不构成犯罪的，依法给予行政处分或者纪律处分”。
