２、分清责任，风险自担。在清理整顿工作中，乡镇企业合作基金会的债权、债务按照“谁贷款、谁还债”，“谁担保、谁负相应责任”，“谁造成风险、谁承担责任”的原则处理。
３、保护储户的合法权益，防止出现支付风险，确保农村社会稳定。
４、对清理整顿乡镇企业合作基金会中涉及的经济案件，要按司法程序依法进行查处。涉及违反党纪、政纪的案件，交由有关部门进行查处。
５、坚持内紧外松，未经省政府批准，各级新闻媒体一律不得宣传报道。
三、清理整顿工作的内容和措施
（一）制定方案
各有关地市政府（行署）以及各县级人民政府要在调查研究、摸清底数的基础上，按照省上的统一要求，结合当地实际，制定本辖区具体实施方案和防范、化解风险的预案，对清理整顿工作做出全面安排部署。
（二）清产核资
清产核资工作要在县级人民政府的统一领导下，由乡镇企业局、人民银行县（市、区）支行、财政局、工商行政管理局等部门共同组成清产核资小组，逐会清查其资产、债权、债务、所有者权益等情况。
（三）清收借款
在清产核资中，要重点抓好各类借款清收工作。各级公安、监察、审计、司法等部门，要积极协助乡镇企业合作基金会清收借（贷）款。
１、行政、事业单位及机关干部在乡镇企业合作基金会的借款、担保借款，无论到期与否，都必须限期归还。各级政府从乡镇企业合作基金会的贷款以及乡镇政府代农户从乡镇企业合作基金会的举债，由承借机关负责归还；村委会负责归还；国家机关工作人员担保或强令投放的贷款，由担保人或批准者负责收回；已经调离的，由有关县级人民政府和本人所在单位责成本人负责追回贷款。
２、乡镇企业在乡镇企业合作基金会的到期借款，有偿还能力的，应限期归还，没有还款能力的，可采用变卖企业资产或整体出售企业的方式，变现后首先归还乡镇企业合作基金会的借款。
３、地方政府使用乡镇企业合作基金会资金搞各种达标升级活动和社会公益事业、基础设施建设项目等形成的欠款，作为地方政府举债，由当地政府和有关部门筹集资金限期归还。
４、其他单位和个人借乡镇企业合作基金会的资金，应视其情节，可运用行政、经济、法律等手段，由当地政府组织有关部门负责限期收回。
无论何种借款，除全额追收借款本金外，应按借款合同的约定追收资金占用费。
（四）清盘关闭
