在具体工作中，要在保持农村社会稳定的前提下，处理好四个方面的关系：
第一，要妥善处理清理工作与清理整顿农村合作基金会工作的关系。既要明确乡村集体经济组织与农村合作基金会债务、债权的关系，又要贯彻中央和省关于清理整顿农村合作基金会的有关政策规定。
第二，要妥善处理清理工作与减轻农民负担工作的关系。不得将乡镇政府和乡镇村集体经济组织所欠债务向农民摊派。对于农民群众欠缴乡村集体经济组织的款项，要区别对待，其中合理的，应当帮助群众发展生产，制订计划，逐步催缴；不合理的，要坚决取消，不再催缴。
第三，要妥善处理清理工作与农村经济发展的关系。既要注意维护债权人的合法权益，又不能因此影响乡村集体经济组织的正常生产经营活动和农村经济的发展。对一时难以偿还的债务，要帮助乡村集体经济组织研究提出切实可行的解决办法，逐步偿还。
第四，要注意保持农村的稳定，掌握好宣传力度，以正面宣传为主，对反面报导，要从严把握，经当地人民政府批准。
六、严肃查处违法违纪行为
要把乡村两级债务的增减作为乡村干部任期目标和工作实绩的重要内容，对不按规定程序决策、脱离实际、盲目大量举债营造所谓“政绩”的干部，既不得提拔重用，也不得让其留下债务异地做官。凡造成经济损失的，要追究责任。
对以集体名义举债个人从中牟利的乡村干部，要责令其将所得款项全部退回用于还债并视情节轻重给予相应的纪律处分；对挪用借（贷）款进行奢侈消费的，要令其将花费的费用退回用于还债并追究直接责任人和单位负责人的责任。
要结合整顿农村金融秩序，坚决打击农村非法金融活动。对违反国家规定高息借贷的行为，不予保护。所有乡镇、村干部一律不得参与高利贷活动。对放高利贷从中牟利的单位、个人，要逐一排查，按国家有关规定予以处理。
严格执行税收政策，规范税收征管。农业税、农业特产税、屠宰税要明确纳税人，据实征收，不得由乡村借（贷）款代缴，更不得以“奖励”、“回扣”等手段鼓励借（贷）款代缴。凡凭借（贷）款缴税所获得“奖励”、“回扣”，必须全额退缴。
七、完善制度，坚决制止新的不良债务继续增加
清理乡村两级不良债务工作，要与整顿农村金融秩序、集体资产清产核资、农村基层组织建设、财务公开等工作紧密结合起来，统筹安排。重点在于建立健全借（贷）款、集体资产、财务公开制度和干部任期、离任审计制度。
