沿线镇人民政府设立的环境保护机构负责管理本镇范围的水污染防治工作；宣传和贯彻
《东江条例》和本规定，督促排污单位及时采取措施控制污染，完成治理任务；定期检查防污设施的运转情况；在发生水污染事故时，立即向镇人民政府和上级环境保护行政主管部门报告，并协助上级环境保护行政主管部门查处水污染事故。
第五条 沿线各级人民政府的水利、卫生、建设、农林、国土、公安等部门，应按
《东江条例》规定的职责，协同环境保护行政主管部门共同做好东深供水工程的饮用水源水质保护工作。
沿线的企业、事业单位应把水污染防治工作纳入生产发展计划，建立本单位的环境保护责任制。
沿线村镇居民有责任保护东深供水工程的饮用水源水质，制止和检举污染损害水环境的行为。
第六条 东深供水工程管理机构负责管理东深供水渠（河）道（含雁田、深圳水库，下同）和供水工程系统水利设施，防止供水工程本身造成的污染；搞好供水工程管理范围内的造林绿化和水质保护工作；协同环境保护行政主管部门对沿线水污染防治工作实施管理；帮助沿线村、镇做好水质保护工作，并定期向省水行政主管部门和省环境保护行政主管部门提交水环境管理和水质监测报告。
第七条 东深供水工程管理机构负责东深供水渠（河）道的水质监测工作。沿线市、县环境保护监测站负责本辖区内各支流及排污单位排污口的水质监测工作。各监测单位应将监测结果定期报省环境监测中心站，省环境监测中心站汇总整理后送省、市有关主管部门。
第八条 沿线排污单位应落实治理资金，按计划完成自身的治理任务。
沿线城镇生活污染和面源污染所需的水污染防治经费，分别由东莞、深圳市人民政府从水费分成收入中提取一部分，县、镇人民政府负责筹集一部分，东深供水工程管理机构予以适当的补助共同解决。具体数额，由各方按照其受益程度和污染源的轻重情况商定。
东深供水工程管理机构每年安排一定数量资金作为沿线水环境监督管理补助费用和水质监测费用，在供水成本中列支。
