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筹资的数额和比例要与各地社会经济发展水平和群众承受能力相适应。合作基金用于医疗、预防保健、大病风险统筹、储备、管理等各项开支的比例，合作医疗的补偿范围和管理层次等，都应依据当地实际情况而定。要科学测算，量力而行，以筹定支，量入为出，做到略有节余。
（三）因地制宜，开展多种形式的合作医疗。
合作医疗重点是要解决农民因病致贫、因病返贫的后顾之忧。在开展合作医疗中要坚持因地制宜，可以先发展，后完善，先普及后提高。建立、健全农村合作医疗可先抓两头，然后带动中间，达到全面普及，“两头”是指经济发达镇与经济落后镇，发达地区可自筹资金解决，经济落后地区主要由区、县级市政府补贴，市政府可适当补贴一点，抓两头，带动全面。各区、县级市应根据本地区经济发展水平、农民实际生活情况，选择适当的合作医疗模式。只要是适合当地经济发展、群众乐于接受、便于管理，使群众受益即可。可以办合作医疗、统筹医疗、保险医疗，也可办合约医疗和单项保险医疗等。在形式上也可采取区、县级市办、镇办、村办和联办形式。补偿方法也可采取合医合药、合医不合药、保大不保小等形式。经济基础好、农民收入高且有集体支撑的地区，筹资和补偿比例可以适当高一点，并逐步向社会医疗保险过渡。经济发展较慢的地区，在合作医疗启动阶段，要长期计划，高标准，低起点，逐步提高。既要保障农民的基本医疗保健，又要留一定的抗大病风险金，以缓解农民因病致贫等问题。
镇办合作医疗，由镇政府牵头，实施统一组织，是一种比较健全的合作医疗形式，利于领导，便于管理。加上资金相对丰厚，有利于巩固和发展合作医疗。
（四）建章立制，强化科学管理和民主监督。
建立和完善合作医疗的各项规章制度，加强科学管理是关系列合作医疗能否巩固和健康发展的关键一环。各地应根据本地情况，本着管理、监督两条线的原则，建立健全各级合作医疗基金的管理和监督组织。要针对基金筹集及使用、转诊、村卫生室和乡村医生考核、镇卫生院考核、信息统计等合作医疗运行的各个环节，制订和落实相应的制度。要完善监督机制。合作医疗基金由管理委员会管理，指定专人负责，严格财务制度，设立专款专帐，实现专款专用，定期组织村民和人大代表对合作医疗经费使用情况进行检查，确保合作医疗基金使用公平、合理，真正做到取之于民，用之于民。
基金的使用原则可确定以镇卫生院为中心或以村卫生站为中心，实行目标管理。基金使用应有利于促进合作医疗的全面发展，同时又应防医疗费用的不和理增长。
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