（一）按全市经济社会发展计划和城市及港口总体规划的要求，制订保税区发展、建设规划，经市政府批准后组织实施；
（二）在市规划国土行政管理部门的指导下，负责制定保税区土地规划，审查批准土地使用权出让、转让有关事宜。
（三）制定保税区各项具体管理办法，经市政府批准后发布实施；
（四）负责保税区的劳动人事管理，根据需要拟订保税区年度招聘员工计划，经市人事、劳动管理部门批准后，按规定程序办理招调审批和聘用手续；
（五）办理保税区中方人员因公短期出国和赴港澳及境外培训的报批手续；
（六）协调海关、商检、动植检、卫检、税务、金融外汇、公安等机关在保税区开展有关业务；
（七）市政府授予的其他职权。
盐田港保税区管理局内设机构的职能、人员编制等由编制办核定。
保税区开发公司是盐田港集团公司的下属二级企业，具体从事保税区的开发建设和服务工作，主要职责是：
１、按照保税区的总体发展规划，从事保税区内市政基础设施和公用事业项目的开发建设。
２、在规划国土部门和保税区管理局的监督指导下，负责区内的土地开发、房产经营。申办土地使用权的报批手续。
３、负责保税区及配套的生活区的供水、供电、通讯等公用事业的服务与管理工作。
４、负责保税区的招商引资等工作。
５、为区内企业提供其他形式的服务。
三、保税区监管机构的设置
按照“既监管到位，又高效服务”的原则，并根据监管机构的性质、业务等实际情况，采取不同的监管形式。
（一）盐田港大鹏海关在保税区设立办事机构，对进出保税区的货物实施监管。
（二）商检、卫检、动植检等查验单位，在保税区内只设置岗位，不单独设置机构，实行联合办公。
（三）税务、工商、公安等部门，在保税区内不设置机构，有关工作由盐田港保税区所在地的税务、工商、公安部门负责。
（四）边防检查。盐田边检站对出入港口口岸人员作统一查验，在保税区内不另设机构。
四、海关监管原则
（一）盐田港保税区为海关监管区，四周应按海关要求设立隔离设施，经海关总署检查验收后启用。
（二）海关比照国务院批准的《
中华人民共和国海关对进出上海外高桥保税区货物、运输工具和个人携带物品的管理办法》制订对盐田港保税区的监管实施细则。
