深圳、东莞市环境保护行政主管部门应根据东深供水工程沿线村镇水污染治理项目的需要，于每年十一月底前制定下年度经费使用计划，经市政府同意后报省环境保护行政主管部门。
第七条 省环境保护行政主管部门根据水污染治理项目的工程进度，分期下达拨款、贷款计划，可委托开户银行拨款、贷款。银行每半年向省环境保护行政主管部门、省财政主管部门和省水行政主管部门通报拨款、贷款的情况。省环境保护行政主管部门每年向省政府报告当年的经费使用情况，并抄送有关市政府。
第八条 省环境保护行政主管部门将东江水系水质保护经费的有偿使用部分设立“东江水污染防治基金”（以下简称基金），实行独立核算，无息贷款，有偿使用。
基金主要作为水污染治理项目建设投资不足部分的周转金。
第九条 拨款主要用于补助东江流域内市政生活污水处理项目、水污染综合整治项目和水污染防治科研项目。
对纳入东江水系水污染防治计划的项目、自筹资金占投资总额６０％以上的水污染治理项目以及投资少、见效快的区域整治项目，可优先拨款。
第十条 申请拨款、贷款的单位需提交拨款、贷款申请表、治理污染方案，贷款单位还应提供有偿还能力的证明文件，经所在市、县环境保护行政主管部门审核同意后，报省环境保护行政主管部门批准。
第十一条 基金贷款期限为两年，最长不得超过三年。逾期未还的，银行有权限期扣回，并按贷款最高月利率收取利息，同时按月利率１．５‰加收罚息。贷款利息、贷款的罚息除按国家规定支付银行手续费外，其余全部纳入基金。
第十二条 拨款、贷款单位挪用拨、贷款的，银行有权收回部分或全部拨、贷款。对挪用部分，按银行贷款最高月利率收取利息，并按月利率６‰加收罚息。对直接责任者及单位的负责人，由其所在单位或其上级主管机关予以行政处分。构成犯罪的，由司法机关依法追究刑事责任。
收回的挪用款、收缴的利息和罚息按国家规定支付银行手续费外，其余全部纳入基金。
第十三条 拨款、贷款治理项目完成后，由省环境保护行政主管部门或其委托的市环境保护行政主管部门组织验收。
拨款、贷款项目验收后，由申请拨款、贷款的单位向省环境保护行政主管部门提交工程验收报告。
