交通部门进行苏南运河航道整治，应当符合防洪安全要求，并事先征求水行政主管部门对有关设计和计划的意见。
第六条 在苏南运河上设置码头、取水口、排水口，应当符合防洪、通航要求和城镇规划以及其他有关技术规范。设置码头应当采用挖入式结构，其具体标准由省交通主管部门会同省水行政主管部门另行制定。
禁止占用锚地建设码头。
第七条 任何单位和个人不得在航道上进行装卸作业。确需临时占用航道进行装卸作业的，应当事先经交通主管部门审查同意，如对河道引、排水及堤防安全产生影响的，还应当经水行政主管部门审查同意，并由作业单位或者个人采取相应的保护措施，保证航运和引、排水畅通。
第八条 跨河的建（构）筑物应当符合苏南运河防洪、排涝、输水要求和通航技术标准，其跨河建（构）筑物通航净宽不得小于50米，净高不得小于7米，桥梁墩台的顶部应当设置在该航段最高通航水位以上或者设计河底标高以下（实际河底标高低于设计河底标高的，按实际河底标高计算）。
跨河缆线通航净高不得小于16．5米加缆线安全富裕高度，其架杆基座的位置自陆域与河口线的距离不得小于15米。
第九条 穿越航道的水下缆线、管道等过河设施，应当符合航道和水下缆线、管道施工技术规范要求，其设施顶部埋设深度应当在设计河底标高以下2米（实际河底标高低于设计河底标高的，按实际河底标高计算）。
第十条 跨河、过河设施应当按照有关规范和要求，由设施所有者或者经营者设置标志并予以维护。
第十一条 在苏南运河航道水域和坡肩外缘10米范围内禁止下列行为：
（一）在航道水域设置渔具、水上贮物场、寄泊站（区），种植水生作物；
（二）向水体排放、倾倒工业废渣、城市垃圾和其他废弃物、污染物，在水域清洗装贮油类或者有毒有害污染物的车船和容器。
（三）擅自挖土、取土；
（四）移运、涂改、损毁、遮挡助航导航标志和交通安全标志；
（五）利用航道两岸树木、护岸、栏杆、交通安全标志、助航导航设施带缆、抛锚；
（六）其他影响、损坏航道、航道设施、交通安全标志的行为。
第十二条 苏南运河两侧应当加强绿化、美化建设；在城镇等重点区域，沿岸应当建成绿化带、观光带或林业示范区。
