二十、软件和系统集成企业认定办法，由市科委会同市财政局、市经委、市试验区管委会等部门负责制定。在试验区内的企业，由市试验区管委会认定；在试验区外的企业，分别由市科委、市经委认定。经认定的企业自１９９９年起三年内，每年在年度汇算清缴结束后，凭当年和上年度所得税入库税票复印件办理所得税新增部分返还手续。其中，市属企业在市财政局办理，区县属企业在区县财政局办理。计算公式为：应返还税款的数额＝（实际入库企业所得税额－年初欠交额）＊（软件和系统集成销售收入／全部产品销售收入）。
二十一、高新技术企业投资的符合国家产业政策、用于科研和生产的固定资产项目，属于《北京市鼓励发展的高新技术及其产品目录》所列项目以及列入国家及市级计划项目或经认定的其它高新技术成果产业化项目的，由主管税务机关对其高新技术企业证书和科技计划证书认定后，办理按零税率计征固定资产投资方向调节税手续。
二十二、市财政局会同市计委、市经委、市试验区管委会定期发布本市技术含量高、较为成熟的高新技术及其产品目录。对于目录中的产品，政府所属各部门要优先购买和使用。市政府采购办公室定期发布高新技术产品招标目录，有条件的企业可申请投标。
二十三、凡在国家及市政府批准建立的开发区内直接以出让方式取得土地并用于高新技术项目的高新技术企业，在项目列入年度投资计划前，到市计委、市房地局办理减免土地出让金、大市政费和“四源费”的手续。但如改变土地使用性质，须全额补交所减免费用。
二十四、对高新技术骨干企业科研、生产、销售用房应交纳的房产税，从１９９９年起五年内，企业每年凭当年房产税入库税票复印件办理房产税返还手续。中央在京企业及市属企业在市财政局办理，区县属企业在区县财政局办理。计算公式为：应返还税款的数额＝（当年自建或购置的生产经营场地固定资产原值／企业应税固定资产原值）＊（本年实际缴纳的房产税－期初欠交税）。
二十五、原为事业法人的科研机构，从１９９９年起转制为企业法人并在本市工商行政管理部门注册的，从１９９９年起到２００３年止，每年在年度汇算清缴结束后，凭当年营业税、所得税入库税票复印件办理营业税、所得税返还手续。其中，市属企业在市财政局办理，区县属企业在区县财政局办理。
