基层社改革要实行“开拓发展一块，巩固加强一块，放开搞活一块”的方针，做到扩张与收缩相结合，减员与增效相结合，营造基层社自我发展和为农服务的新机制。
适应城乡市场的变化，合理调整基层社的经营结构。对农业生产资料、大宗农副产品、集镇主要商场和国家允许及委托基层社经营的专营商品，要运用新型营销方式，进一步壮大经营业务。对基层社的分社及边、小、微、亏门店，没有竞争优势的行业和业务，要放活经营或逐步退出。
以农村集镇为中心，按照经济区域流向，归大并小，调整基层社建制，实行规模经营。要将调整建制与人员分流消肿、业务归类、资产重组结合起来，防止搞简单化的大撤并，积极探索一县一社或一县几社的新体制。
继续实行基层社“一社多制”的多元化的产权制度改革。有条件的基层社所属企业、经营部可以改组为公司制、股份合作制、合伙制等类型企业，也可以实行租赁、转让和委托经营。对扭亏无望、资产不抵债的基层社，可以依法实施破产。
在有条件的县（市），可以选择若干基层社，试行由社员直接选举经营管理人员，走民有、民管、民享的路子。各类新办的与农民结合的合作经济组织，都要按照合作制原则，实行民主管理，民主监督。
三、构筑供销合作社新的组织管理体制
要高度重视发挥县级供销合作社在整个供销合作社改革和发展中的关键地位和作用。县级供销合作社对基层社资产负有重要的管理职能。在正确处理好县基两级供销合作社资产所有权关系的基础上，积极探索资产一体化管理，由县联社统一营运县基两级社有资产，统一规划和实施全县范围内供销合作事业的发展，盘活社有资产、优化资产结构，更好地实现社有资产的保值增值。
按照“流畅、高效、稳定、可控”的要求，打破行政和地区界限，运用经济的办法，在县域或更大范围内，实行供销合作社经营网络的重组。有实力的县以上供销合作社或优势企业，可以实行跨区域扩张、跨区域合作。
四、进一步转换县以上各级供销合作社的职能
县以上供销合作社在经济上独立承担责任，除国家委托的政策性经营任务外，上级社不对下级社下达经营任务。其主要职能是，对成员社进行业务指导，协调与政府部门、社会组织的关系，行使本级社有资产出资人代表职能和权利，决定社有资产营运方式，确保与监督社有资产的保值增值。
