新建或者改建建筑物和构筑物不得破坏克孜尔千佛洞的环境风貌。
第九条 对石窟进行修缮加固，应当尽量保持石窟现存外貌。对壁画、塑像等文物进行修复，应当遵守修旧如旧、不改变原状的原则。
第十条 龟兹研究机构负责克孜尔千佛洞的日常养护工作，定期对洞窟进行监测。
克孜尔千佛洞重大修缮工程，应当由龟兹研究机构制定修缮计划，经自治区文物行政管理部门审核，报国家文物行政管理部门审批。修缮计划如有变动应当按原申报程序报批。修缮工程竣工后，由自治区文物行政管理部门报请国家文物行政管理部门验收。
修缮工作的全部资料要完整保存，存入档案。
第十一条 洞窟壁画、塑像及馆藏文物的保护管理以及出入库、提取使用等活动，应当严格按照各项管理制度进行，防止文物流失或者损坏。
第十二条 文物藏品应当存放在固定的专用库房，并由专人管理。库房应当配备防火、防盗、防潮、防风沙等设施。
第十三条 克孜尔千佛洞的考古、文物调查、石窟测绘、维修的原始材料（包括文字记录、图纸、照片、录像）、实物标本等，龟兹研究机构应当确定专人保管，并负责国内外石窟考古情况的收集和整理工作。
对克孜尔千佛洞的考古、维修、修复、壁画临摹、资料整理等各项业务活动，龟兹研究机构应当根据实际情况，选择学术研究课题，制定科研规划，积极开展国内外学术交流与合作，组织编写学术资料和论著。
第十四条 有关单位或者个人如需查阅、引用龟兹研究机构有关克孜尔千佛洞未发表的研究资料，应当先征得龟兹研究机构的同意。
第十五条 在克孜尔千佛洞进行考古发掘、考古调查活动，应当按照国家文物行政管理部门发布的《
考古发掘管理办法》的有关规定执行。
第十六条 参观克孜尔千佛洞应当遵守克孜尔千佛洞的管理制度，不得擅自攀爬洞窟；不得刻划洞窟山体；不得触摸壁画；不得损毁保护标志或者安全设施，并自觉服从管理。
