基层社是整个供销合作社的基础，直接体现为农服务宗旨和合作经济性质。要从实际出发，分类改造基层社。对经营状况和为农服务较好的基层社，要按照“民有、民管、民享”要求，实行民主选举、民主管理、民主监督，建立完善的对社员返利机制，进而率先办成农民的合作经济组织。对经营状况一般的基层社，要切实加强领导班子建设，转换机制，拓展经营，强化管理，不断增强实力。对扭亏无望、资不抵债的基层社依法实施破产。破产基层社的国家正式职工纳入当地的再就业工程。
调整基层社经营结构、网点结构和队伍结构，按经济区域调整基层社建制，使之更加适应市场经济要求，适应农村经济发展要求。基层社要真正建立起自主经营、自负盈亏、自我发展、自我约束的经营机制，因地制宜落实和完善各种形式的经营责任制。要加强内部管理，优化资产结构，降低费用，提高经济效益。
基层社要努力开拓城乡市场，拓宽为农服务领域，增强为农服务功能。要充分发挥自身的优势，围绕当地农业主导产业和骨干产品，积极组建各种专业合作社和专业协会，兴办商品示范基地，建设各类市场，开展农产品加工，积极为农民提供所需的各种商品和服务，把千家万户的农民与千变万化的市场紧密地联系起来。要发挥供销合作社联结城乡市场的优势，利用现有的城镇网点设施，积极兴办消费合作社。对国家专营商品，专营部门应发挥基层社作用，委托基层社代购代销。
三、进一步理顺各级联社的组织管理体制
各级政府要切实加强对供销合作社的指导、协调、扶持和监督，但不得干预供销合作社正常的经营活动。供销合作社结构调整、企业改革、再就业工程等需要政府组织协调的，由当地人民政府负责。要切实保护供销合作社的合法权益，认真贯彻落实闽委发〔１９９６〕３号文件和闽政〔１９９７〕文１６０号文件规定，任何部门、单位和个人都不得随意平调供销合作社的资产，不得随意改变供销合作社的隶属关系，不允许随意下达政策性经营任务和进行各种行政摊派，不能随意拆除供销合作社的经营服务措施。对不按有关规定，仍在继续无偿拆占或变相无偿拆占供销合作社经营服务设施的，各地政府要予以制止；对已拆占但尚未补偿和安置的，要按有关规定予以补偿。今后凡政府委托供销合作社从事政策性业务，都要事先签订委托合同，明确责任和义务，并确保兑现。
各级联社在经济上独立承担责任，除国家委托的政策性经营任务外，上级联社不对下级联社下达经营任务。理事会主要职责是，对成员社进行业务指导，协调与政府部门、社会组织的关系，行使本级社有资产出资人代表职能，监督社有资产保值增值，并按出资额依法享有所有者的资产受益、重大决策和选择管理者的权利。各级联社所办企业在自主经营、自负盈亏的基础上，相互协作，平等竞争，共同发展。
县联社在发挥供销合作社作用中处于关键环节。县联社要切实加强对基层社的指导、协调和监督，要大力发展为农业产业化服务的龙头企业，提高效益，增强为农服务实力。县联社机构编制和领导职数，由当地政府根据精简、效能的原则予以核定，经费来源仍维持现行渠道。
