采矿权人在银行有帐户的，凭地质矿产主管部门开出的“矿产资源补偿费专用缴款书”到开户银行以转帐方式直接向当地国库或国库经收处办理矿产资源补偿费缴库手续。
采矿权人在银行没有帐户的，直接向地质矿产主管部门缴纳或收购单位代扣上缴，由地质矿产主管部门集中办理缴库手续。
第十二条 地质矿产主管部门必须使用全国统一印制的“矿产资源补偿费专用缴款书”。以现金方式缴纳矿产资源补偿费，必须使用全国统一印制的“矿产资源补偿费自收汇缴专用收据”。
地质矿产主管部门应于每月终了后１０日内将以自收汇缴方式收取的矿产资源补偿费解缴入库。
第十三条 符合国务院
《征收规定》第
十二条、第
十三条情形之一者，可按程序申请免缴或减缴矿产资源补偿费。
申请免缴或减缴矿产资源补偿费的采矿权人，于每年第四季度向地质矿产主管部门提出本年度免缴或减缴矿产资源补偿费的申请，填报“免（减）缴矿产资源补偿费申请书”，并按申请书的要求附具相关材料。
区市县地质矿产主管部门接到“免（减）缴矿产资源补偿费申请书”及相关材料后，应会同同级财政部门在１５日内签署意见报市地质矿产主管部门。市地质矿产主管部门、市财政部门应在３０日内作出是否批准的决定。
减缴额度超过应缴额度５０％以上的，须报市人民政府批准。
免（减）缴矿产资源补偿费申请批准后，由市地质矿产主管部门以书面形式通知区市县地质矿产主管部门，并抄送采矿权人。批准的免（减）缴申请，从批准之日起生效，按批准的期限和额度执行。
开采未经市地质矿产主管部门进行储量审批的矿产资源，采矿权人不得以国务院
《征收规定》第
十三条第（二）项规定的理由申请减缴。
第十四条 矿产资源补偿费纳入财政预算，具体使用管理办法，由市地质矿产主管部门会同市财政部门制定。
矿产资源补偿费地方分成部分，市和区市县之间的分配，由市财政部门在每年年终时按该区市县实际入库数的５０％结算。
