市水行政主管部门负责昆明城市规划建成区以外的水利工程的统一管理工作；县水行政主管部门和乡水利水土保持管理站负责本辖区内水利工程的管理工作；各水利工程管理单位具体负责职责范围内水利工程的日常管护工作。
滇池的防洪供水、松华坝水库由市水行政主管部门直属机构负责管理；中型、小（一）型水利工程由所在地的县水行政主管部门所属机构负责管理；跨县、乡的水利工程，可由经协商一致的一方管理或共同管理，也可由共同的上级水行政主管部门指定一方管理。
第十条 市、县水行政主管部门水利工程管理的主要职责是：
（一）宣传、贯彻执行水利方面的法律、法规和规章；
（二）检查、督促、指导下级水行政主管部门、直属水利工程管理单位及乡水利水土保持管理站工作；
（三）定期组织对水利工程的安全检查，处理工程隐患，指导防汛工作；
（四）审核水利工程控制运用计划，统一调配水量，指导计划用水、节约用水工作；
（五）调解水事纠纷，查处水事违法案件；
（六）推广水利工程管理保护的新技术、新设备、新经验，培训工程管理人员，提高科学管理水平。
第十一条 水利工程管理单位履行下列职责：
（一）宣传、贯彻执行涉水法律、法规、规章；
（二）依法管理和保护水利工程、水资源，维护工程设施的安全运行；
（三）制定工程管理办法、操作规程，定期进行工程检查、安全监测和资料整编，掌握工程运行动态；
（四）执行工程控制运用计划和防汛抗洪指令，做好管护工程的防洪工作；
（五）合理利用工程管理范围内的水土资源，开展多种经营，提高工程综合效益；
（六）实行计划用水、节约用水、科学用水，依法征收水费；
（七）开展职工技能培训，提高管理水平。
第十二条 水利工程的管理根据工程的类型、投资和受益情况，采取以下管理形式：
（一）国家投资兴建的大中型、小（一）型及重要的小（二）型水利工程应当按规定建立专门的工程管理机构，负责工程的管理；
（二）国家投资和农村经济组织共同兴建的小型水利工程，由主要受益的乡或办事处、村社配备专管人员管护；
（三）农村经济组织、单位和个人投资兴建的水利工程，由投资者确定管理方式。
