水利行政主管部门、重要江河的水源保护机构根据各自职责参与水质保护规划制订和主要江河、湖泊、水库的水质监测。
卫生行政主管部门负责生活饮用水水源水质的卫生监督，协同调查处理饮用水源污染事故。
各级交通行政主管部门的航政、港务监督机关根据各自职责分别对船舶污染和港区环境实施监督管理。
地质矿产行政主管部门协同环境保护行政主管部门对矿产资源开发中的水污染防治实施监督管理。
农业行政主管部门加强对农药、化肥、除莠剂的使用管理，减少农业生产对水环境的污染。
林业行政主管部门参与水质保护规划的制订，加强对生态公益林的管理，防止水质污染。
公安、市政、环卫、国土、规划、供水、经济管理部门根据各自职责，协助环境保护行政主管部门对水质保护实施监督管理。
上述部门的水质保护工作，应接受同级环保部门的检查和指导，对不履行法定职责的，由环境保护行政主管部门报同级人民政府处理。
第七条 省人民政府划定区域内地表水环境质量功能区，制订水质控制目标。
水环境质量功能区和水质目标控制方案应当包括划定主要江河、湖泊、水库等地表水体的水环境质量功能区和所执行的水质标准，设置跨行政区主要河流边界断面及其水质控制指标，明确对河流边界断面水质负责的相关地区。
市、县、镇人民政府应根据区域内地表水环境质量功能区和水质控制目标，采取相应措施保证功能区和边界断面水质符合规定的目标。
第八条 区域内主要水污染物排放实施总量控制。省人民政府环境保护行政主管部门会同有关部门根据区域内地表水环境质量功能区和水质控制目标，将总量控制指标逐级分阶段分配到各市、县所属主要河段。
市、县环境保护行政主管部门应将区域内的企业事业单位和个体工商户排放的水污染物控制在分配的总量控制指标内。
水污染物排放量超过总量控制指标的市、县，必须按上级环境保护行政主管部门的要求限期削减水污染物排放量。
第九条 各地新建、扩建、改建、迁建的建设项目排放的水污染物，不得突破本行政区以及排放地点或河段的排污总量控制指标。
对已超出总量控制指标的地区，环境保护行政主管部门不得批准新建、扩建、改建可能增加水污染物排放量的建设项目的环境影响报告书。确需建设的，必须先行削减本地区的污染负荷，并征得上级环境保护行政主管部门的同意。
第十条 环境保护行政主管部门在审批可能造成跨行政区域水环境污染的建设项目的环境影响报告书时，应征求相关地区环境保护行政主管部门的意见，有不同意见并协调不成的，报共同的上级环境保护行政主管部门裁定。
