机制灵活是乡镇企业的最大优势。解决乡镇企业发展中存在的困难和问题，根本的出路在于实现机制再创新。要以邓小平理论为指导，以“三个有利于”为标准，进一步推进以明晰产权为核心的转机建制。改革的形式要因地因企制宜，不搞一刀切和一种模式。根据不同情况可实行股份制、股份合作制、拍卖、联合、兼并、破产，也可以租赁、承包等。但不论采取哪种形式，都要尊重农民的实践、创造和选择，要讲求实效，要确保集体资产保值增值。乡镇企业产权制度改革要按照“谁投资、谁所有；谁创造，谁所有”的原则，明确产权主体，明确企业原始资本金投入及其收益所形成的资产，为投资者所有；明确企业现有资产中除原始投资及其收益所形成的资产以外的部分，为企业全体职工所有；对新办的企业，一开始就要明确产权主体。
改革要坚持抓大放活的原则。乡镇企业应学习借鉴国有企业的改革经验和民营企业的一些好的经营机制。对重点乡村骨干企业的改革，有条件的可依法组建吸收多元投资主体持股的有限责任公司或股份有限公司，允许和鼓励经营管理骨干多投股、持大股，适当提高职工股在总股本中的比重。乡村集体中小企业改为股份合作制，可采取先租后股、先售后股、售租股结合等办法。对一些小、微、亏企业可以通过整体或部分出售的方式进行改造，盘活存量资产。
要逐步把乡村集体企业改造为股份合作制的企业和农民举办的股份合作制等形式的合作企业。只要留有公共积累，实行按劳分配和民主管理，都是新型的社会主义集体所有制经济，是乡镇企业的重要组成部分。改制后企业的隶属关系不变，享受集体企业的各种优惠政策待遇不变，管理费上缴的渠道不变，财务及统计资料上报渠道不变。
各级都要切实加强对乡镇企业转机建制工作的领导。改制企业要落实好债权债务，不能逃废银行债务。对资不抵债企业的不良债权债务，要认真审查，坚持实事求是的原则，逐步加以消化，防止集体资产流失。对改制企业办理各种手续的费用要实行优惠。
三、努力增加对乡镇企业的资金投入
解放思想，更新观念，千方百计增加对乡镇企业资金的投入。要拓宽资金投入渠道，增强乡镇企业自身吸纳资金能力，向改革要资金，向管理要资金，向市场要资金。各级都要努力增加对乡镇的投入。金融部门要加大对乡镇企业信贷投入和支持的力度，搞好银企联合。要重点支持规模大、效益好、科技含量高、产品有销路的乡镇企业。对那些发展前景好，但暂时有困难的乡镇企业，要在流动资金和技改资金上给予必要的支持。对部分亏损企业中的好产品要发放封闭贷款。对符合产业政策、效益好、资金信誉好的重点乡镇企业和大的投资项目，省级金融机构可采取直接贷款的方式给予支持。在一些金融部门信贷能力弱的地区，银行要发挥系统优势，实行三级联休，解决企业的资金需求。各级政府应协调好银企关系，积极盘活现有资金，努力减少不良贷款，切实抓好国家降息政策的落实。
要加大招商引资的力度，努力改善投资环境，加快利用外资步伐，吸引更多的外商前来投资合作，不断扩大与外商的合作领域。乡镇企业及其主管部门要下大力盘活存量资产，努力降低“三项资金”占用。省财政原已安排的乡镇企业周转金要管好用好，抓紧回收，提高资金使用效益。各级政府每年也应安排一定数额的财政周转金，重点扶持乡镇企业的技术改造、新产品开发、出口创汇和农副产品加工。按照《
中华人民共和国乡镇企业法》和国务院有关规定，鼓励和支持各级人民政府建立乡镇企业发展基金。
