二级、三级保护区水体的环境规划、管理和评价，执行国家《地面水环境质量标准》（ＧＢ３８３８－８８）Ⅲ类标准。
第二十一条 对排放水污染物超过国家或者地方规定的排放标准或者排污总量控制指标的排污单位，由县级以上人民政府责令限期治理。
自２０００年１月１日起，禁止工业企业向巢湖流域水体超标准排放水污染物。
第二十二条 禁止在巢湖流域新建化学制浆造纸企业。
禁止在巢湖流域新建制革、化工、印染、电镀、酿造等小型企业。
严格限制在巢湖流域新建前款所列大中型项目或者其他污染严重的项目；确需建设该类项目的，必须事先报经省人民政府环境保护行政主管部门批准。
禁止和严格限制的产业、产品名录，由省人民政府环境保护行政主管部门会同有关部门拟订，报省人民政府批准后公布施行。
第二十三条 在巢湖流域内禁止下列行为：
（一）向水体排放或者倾倒油类、酸液、碱液、剧毒废渣废液、含放射性物质的废渣废液、含病原体的污水、含热废水等有毒有害物质；
（二）向水体排放、倾倒工业废渣、城市垃圾和其他废弃物；
（三）在水体清选装贮过油类或者有毒有害污染物的车辆、容器等；
（四）在巢湖湖滩和岸边堆放、埋置、储存固体废物和其他污染物；
（五）向水体排放或者倾倒船舶的残油、废油和垃圾等；
（六）从事可能破坏山体、林木、植被等造成水土流失的活动；
（七）围湖造田。
第二十四条 自２０００年１月１日起，禁止在巢湖流域内销售、使用含磷洗涤用品。
第二十五条 在一级保护区内禁止下列行为：
（一）向水体排放污水；
（二）新建、扩建与供水设施和保护水源无关的建设项目；
（三）水文、水质监测及渔政、公安、防汛指挥以外的船舶停泊和作业；
（四）从事水产养殖、集中式畜禽养殖、旅游、游泳以及其他可能污染水体的活动。
一级保护区内已有的排污口，由县级以上人民政府责令限期拆除。
第二十六条 运输油类、有毒有害物品的水上运输工具，应当采取措施，防止油类和有毒有害物品散落、流溢和渗漏。
