第九条 省人民政府应当组织建立巢湖流域水环境监测网络。省及巢湖流域县级以上人民政府环境保护行政主管部门的环境监测机构和水利部门的水文监测机构，共同承担巢湖流域水环境监测。省人民政府环境保护行政主管部门的环境监测机构负责监测主要入湖河道口和巢湖、六安地区、合肥市交界处水质。省人民政府环境保护行政主管部门定期向省人民政府报告巢湖水质状况。
第十条 巢湖流域内的建设项目立项前，必须报经县级以上人民政府环境保护行政主管部门对其是否污染环境、污染物排放是否超标、当地有无环境容量等进行审查。未经审查或者经审查否决的项目，有关部门不予办理立项征地手续。
第十一条 新建、扩建、改建直接或者间接向巢湖流域水体排放污染物的建设项目和其他水上设施，必须遵守国家有关建设项目环境保护管理规定，编写环境影响报告书（表），报县级以上人民政府环境保护行政主管部门审批；行署和市、县人民政府环境保护行政主管部门审批的，须报省人民政府环境保护行政主管部门备案。
环境保护行政主管部门审批向巢湖流域水体排放污染物的建设项目环境影响报告书（表）时，不得突破本行政区域排污总量控制指标。
巢湖流域超过本行政区域排污总量控制指标的地、市、县，不得新建向水体排放污染物的项目；扩建、改建项目不得增加污染负荷。
第十二条 建设项目中水污染防治设施，必须与主体工程同时设计、同时施工、同时投产使用；水污染防治设施未经县级以上人民政府环境保护行政主管部门验收或者验收不合格的，该建设项目不得投入生产或者使用。
水污染防治设施必须正常运转，未经县级以上人民政府环境保护行政主管部门批准，不得拆除或者闲置。
第十三条 向巢湖流域水体排放污染物的单位，应当依法按照所在地县级以上人民政府环境保护行政主管部门规定的时间，向其申报登记拥有的污染物排放设施、处理设施和正常作业条件下排放污染物的种类、数量、浓度以及排放去向，并提供水污染防治方面的有关技术资料。逾期不报的，视为拒报。
环境保护行政主管部门应当自接到申报之日起３０日内提出审查意见；符合条件的，颁发排污许可证。
领取排污许可证的单位改变排放方式、排放去向的，应当提前１５日向排污许可证颁发部门报告，履行变更手续。环境保护行政主管部门应当自接到申报之日起１０日内作出批复。逾期不批复的，视为同意。
