在工农业生产混合段，实行排污许可证制度、排水许可证制度和污染物排放总量控制制度。环保部门应当会同有关部门按照有关法律、法规和《整治方案》的要求，分阶段制定并组织实施污染物排放的总量控制指标。
第十四条 （化肥、农药使用的管理）
农林部门应当做好苏州河环境综合整治陆域范围内使用化肥、农药产生污染的控制工作，控制污染物通过农田灌溉渠道流入苏州河。
第十五条 （污水处理设施运转的监督）
市政、环保部门应当加强对苏州河环境综合整治陆域范围内合流污水截留设施、集中式污水处理设施和企事业单位污水处理设施运转的监督管理。
第十六条 （码头的调整）
对绿化段范围内现有的货运码头，码头单位应当按照《整治方案》的要求，在限期内搬迁；因管理需要的码头应当按照《整治方案》的要求，进行调整。
对绿化延伸段范围内现有的货运码头，码头单位应当按照《整治方案》的要求，逐步搬迁、调整。
第十七条 （禁止项目）
苏州河环境综合整治陆域范围内，禁止堆放废弃物和新建污染水体的建设项目。
绿化延伸段范围内，禁止新设货运码头。
工农业生产混合段范围内，禁止新设环卫码头。
第十八条 （水文水质监测）
水文水质监测机构应当将苏州河及主要支流的水文水质监测数据定期抄送市苏办。
第四章 市容和环境卫生管理
第十九条 （户外广告设置）
有关部门制定苏州河环境综合整治陆域范围内的户外广告设置规划时，应当根据苏州河的功能定位，控制户外广告设置密度，并征求市苏办的意见。
第二十条 （绿化管理）
对苏州河环境综合整治陆域范围内的绿地、林地宽度，建设单位应当按照《整治方案》的要求实施。绿地、林地中建筑物、构筑物的占地面积不得超过总面积的２％。
第二十一条 （环卫设施配备）
苏州河沿河区、县人民政府应当在苏州河环境综合整治陆域范围内，配置与区域环境相适应的环境卫生公共设施。
