（一）自治区地方基金征收局负责自治区级水利建设基金的征收，地方税务部门（未设地税局的县，由国税局代征）负责市县级水利建设基金的征收。其中：养路费、公路建设基金、公路运输管理费、地方分成的电力建设基金按季征收，车辆通行费、驾驶员培训费（地区驾驶员培训费由所在县、市征收）、市场管理费、个体工商户管理费、征地管理费、市政设施配套费按月征收。
（二）地方税务部门和自治区地方基金征收局征收水利建设基金须到自治区财政厅办理《基金征收许可证》，使用自治区财政厅统一印制的收费票据。
（三）有缴纳水利建设基金义务的部门应在季末或月末１５日内交清基金，逾期不缴的，按每日千分之三交纳滞纳金。
（四）纳入财政管理的政府性基金（收费、附加），缴纳水利建设基金后再按规定纳入财政预算或财政专户管理。
（五）税务部门和自治区地方基金征收局各按照征收入库的水利建设基金数额的３％提取手续费，由财政部门按季核拨给征收部门，专项用于水利建设基金的征收业务开支。
第六条 水利建设基金首先要用于现有的水利工程建设，具体使用范围：
（一）自治区级水利建设基金专项用于：自治区重点水利工程建设基金，自治区重点河流的治理，自治区重点水土流失防治工程建设，重点防洪设施建设和维护，自治区水利工程更新改造，其他经自治区人民政府批准的水利工程项目。
（二）市县级水利建设基金专项用于：市县重点水利工程建设项目，小流域治理，山洪治理，渠道、沟道、水库、灌排泵站的更新改造和自治区大型水利工程的配套建设，其他经市县政府批准的水利工程项目。
跨市县的水利工程项目由自治区有关部门按照“谁受益、谁负担”的原则负责统一规划协调。
第七条 水利建设基金属于政府性基金，按照《国务院关于驾驶预算外资金管理的决定》（国发［１９９６］２９号）的规定，纳入同级财政预算管理，专款专用。自治区级水利建设基金的使用，由自治区水利厅根据水利建设发展规划，于每年年初提出年度使用计划，经自治区财政厅审核后拨付资金；市县级水利建设基金的使用，由市县水利部门提出年度使用计划，经市县财政部门审核后拨付资金，并将年度使用计划分别报自治区水利厅、财政厅备案。其中，用于水利工程基本建设的水利建设基金，要分别纳入自治区和市县基本建设投资计划，按基本建设程序实行项目管理。每年年初由水利部门向计划部门提出年度项目计划建议，由计划部门审核后统一纳入基本建设投资计划。财政部门根据政府批准下达的基本建设投资计划按进度拨付资金，并进行财务监督。水利建设基金实行专款专用，年终结余可结转下年度安排使用。
