第六条 县、乡两级要组成由政府领导为负责人，卫生、计划、财政、农业、民政等部门负责人为成员的合作医疗领导小组（或管理委员会），负责组织、领导合作医疗的实施，经常研究检查、指导合作医疗工作，及时解决存在的问题。县、乡要设立合作医疗管理办公室，具体负责合作医疗的日常工作。
第七条 各级政府要针对合作医疗的目的、意义做好宣传工作。要向干部群众宣传合作医疗政策、基本原则，引导农民树立互助共济观念，积极参加合作医疗。各级政府的卫生、计划、财政、农业、民政、宣传、教育、计生等部门要各负其责，密切协作，采取切实措施，积极参与、支持合作医疗的实施。
第三章 资金筹集
第八条 合作医疗资金筹集采取以个人为主、集体扶持、政府适当支持的方式，坚持“金额与承受能力结合、风险共担、互助共济、以需定收”的原则。
农民个人缴纳的费用是合作医疗资金的主要来源。乡、村集体经济的投入是资金的重要组成部分，起到扶持作用，各级政府应根据各自财力，以不同方式引导、支持合作医疗的建立和发展。
农村集体经济组织应适当资助农村优抚对象和特困户缴合作医疗资金。
第九条 因地制宜，根据当地的经济水平和群众承受能力确定筹资比例。农民个人缴纳的合作医疗资金，属个人消费性支出，不计入乡统筹、村提留。
农民个人筹资额由各地（市）自定。乡、村企业职工筹资一般不低于上一年职工收入总额的３％。经济较发达地区筹资比例可高一些，经济欠发达地区筹资可低点起步，并要随着经济发展和农民生活水平提高而逐步提高。
村提留公益金中应有一定数额用于合作医疗。具体比例由各地根据各自情况确定，并应随着经济的发展逐步提高。
第十条 合作医疗资金主要用于支付农民的医疗费用。
第十一条 合作医疗资金由县、乡政府和村民委员会负责统一筹集，保证资金及时到位。集体投入部分，包括乡统筹和村提留及集体经济的投入，必须年年有投入。村民个人交付部分具体收取办法由各地自定。合作医疗资金由合作医疗管理机构统一管理，任何部门和个人不准挤占或挪用。合作医疗资金不得用于当地农村合作医疗章程规定以外的任何项目。
