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（一）预算的内容、编制和审批。
１．预算内容。 基金预算包括年度基金收入预算与基金支出预算及以前年度基金结余。基金收入预算包括上年结余、本年基金收入、上年补助收入及其他收入等；基金支出预算包括本年业务支出、上解上级支出、补助下级支出和其他支出等。
２．预算编制。 收入预算根据上年度征收任务完成情况和本年度征收任务及征收标准调整变化情况等确定；支出预算根据基金收入情况，按规定的用途支出范围和支出标准编列，属于基本建设项目应按基本建设投资管理的有关规定编报基本建设支出预算。
基金收支预算按部门、基金项目分别编制。各项基金收支预算由各征收部门和使用部门于每年第四季度根据财政部门的规定，汇总编报下年度的分项基金预算。
各级政府的基金预算在国务院复式预算办法正式颁发前，在财政预算上暂采用单独编列办法，即各级财政部门在一般预算收入合计和一般预算支出合计线下单独编列“政府性基金收支预算表”，将基金收入与基金支出按照一一对应的原则排列，不计入一般预算收入合计和一般预算支出合计。
３．预算审批。 各单位、各部门将汇总编制的预算按规定时间报同级财政部门审核汇总后报同级政府审定，财政部门根据审定的预算及时批复各部门执行。
（二）预算科目设置。 各部门、各单位的基金收支，均按《中华人民共和国１９９７年国家预算收支科目》办理。
（三）预算执行。
１．预算级次和缴库方式。 基金收入仍按现行体制规定，纳入同级财政预算管理。对共享的基金收入，按规定的比例分别入库（排污费、水资源费、矿产资源补偿费等收入的缴库和分成办法仍按原规定执行）。
凡属省级的收入，由该基金征收部门填开收入缴款书，就地缴入省库；凡属中央与地方共享的基金收入，由征收部门按规定比例分别填开收入缴款书缴入中央金库和地方国库（财务隶属关系在民航总局的机场收取的机场建设管理费，按财政部、中国民航总局有关文件精神执行）；凡属省与市县共享的收入，由各地征收部门按规定的比例分别上交省国库和市县国库。
各征收单位对应缴财政的基金收入要严格管理，收入必须直接缴入国库。对确有必要设立收入专户的，需报经同级财政部门批准，并在国家银行开设“待缴款专户”，将每日收取的收入全部送存专户。任何单位、部门不得将应缴专户的资金（含利息）转为储蓄存款或混入本单位的经费存款帐户。专户的资金达到１０００万元应及时交库，年终各征收部门应将专户的基金收入余额全部上缴国库。
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