地区、市、县水行政主管部门的职责，根据上述范围由同级人民政府确定。
第十二条 县级以上地方人民政府其他有关部门按照同级政府规定的职责分工，协同水行政主管部门负责有关水资源的开发、利用、保护、管理工作。
林业部门负责对水源林统一规划和实施，并会同水行政主管部门进行监督和管理。
环境保护部门对水体污染进行调查、监督、评价，对水污染防治实施统一监督管理。
地质矿产部门参与水资源调查、评价、规划、协同水行政主管部门管理地下水资源；进行地下水资源勘查、监测、统计、分析及开发利用监督管理。
城建部门管理城市计划用水、节约用水和城市规划区地下水的开发利用与保护。
交通部门负责航道建设、养护和管理。
第三章 开发利用
第十三条 开发利用水资源必须进行综合科学考察和调查评价。全自治区水资源的综合科学考察和调查评价，由自治区水行政主管部门会同有关部门，按照国家和自治区有关规定统一进行。
第十四条 开发利用水资源和防治水害，应当按流域或者区域进行统一规划。规划分为综合规划和专业规划。专业规划应当服从综合规划。综合规划应当与国土规划相协调，兼顾各地区、各行业的需要。
全自治区的综合规划和跨地区、市的流域综合规划或者区域综合规划，由自治区水行政主管部门会同有关部门和有关地区行署、市人民政府编制，经自治区人民政府批准后，批国务院水行政主管部门备案；地区、市的综合规划和跨县（市）的流域综合规划或者区域综合规划，由地区、市水行政主管部门会同有关部门和有关县（市）人民政府编制，经同级人民政府批准后，报自治区水行政主管部门备案；县（市）内流域综合规划，由县（市）水行政主管部门会同有关部门编制，经同级人民政府批准后，报地区、市水行政主管部门备案。
县级以上地方人民政府应当根据流域综合规划或者区域综合规划，制定中长期实施计划，有步骤地组织实施。
防洪、灌溉、治涝、城镇生活和工业用水、航运、水力发电，竹水流放、水质和水源保护、渔业、水文测验，地下水普查勘探和动态监测等专业规划，由县级以上人民政府有关主管部门编制，经同级人民政府批准后，报上一级水行政主管部门备案。
