县级地矿行政主管部门负责征收除省、市征收范围以外的在本行政区域内的各类采矿权人的矿产资源补偿费。
征收部门所征收的矿产资源补偿费须按《
国家金库条例》和《
国家金库条例实施细则》办理缴库手续，收缴的罚没收入须按《关于对行政性收费、罚没收入实行预算管理的规定》办理缴库手续。收缴的滞纳金按规定缴纳。任何部门和个人对所征矿产资源补偿费、罚没收入和滞纳金不得截留、坐支、挪用和私分，违者要严肃查处。
三、严格征收工作管理
按照《
中华人民共和国矿产资源法实施细则》的有关规定，各级征收部门必须是独立或合设的地矿行政主管部门，必须有与承担执法任务相适应的、专业结构合理的人员。市地、县级地矿行政主管部门不具备前述条件的，其补偿费由上一级地矿行政主管部门负责征收。
各级地矿行政主管部门征收矿产资源补偿费必须持收费资格认定书和收费许可证。收费资格认定书由征收部门申请、市地地矿行政主管部门初审后报省地矿行政主管部门认定、颁发并行文公布，同时抄送同级物价、财政部门。征收单位凭认定书办理收费许可证及罚没款许可证。省地矿行政主管部门对征收资格实行年检制度，发现违法违纪、以权谋私、不依法征收的，由认定机关取消收费资格，有关部门收回收费许可证及罚没款许可证。对于依法征收成绩显著的征收部门和个人，由地矿、财政部门给予表彰奖励。
四、加强财政监督，做好计征和缴纳工作
各级财政部门要切实加强对矿产资源补偿费的监督工作。征收部门征收时应使用省财政部门统一印制的“行政事业性收费收款收据”并按财政部、地矿部统一制定的“专用缴款凭证”办理缴库。
采矿权人凡在１９９４年４月１日以后销售（或自用）的矿产品，必须依法缴纳矿产资源补偿费，在缴纳时，按征管部门规定填报《矿产资源补偿费缴纳申报表》，并附各种计算矿产资源补偿费所需的数据资料，经征收部门确认盖章后，作为采矿权人缴纳矿产资源补偿费的依据。
采矿权人于每月终了后１０日内缴纳矿产资源补偿费；７月３１日前缴清上半年的矿产资源补偿费；１月３１日前缴清上一年度下半年的矿产资源补偿费。
缴纳的矿产资源补偿费，凡在银行开有存款帐户的可由采矿权人就地上缴中央金库；没有在银行开立存款帐户的采矿权人直接向征收部门缴纳，由征收部门就地统一汇交中央金库，有关征收、缴纳矿产资源补偿费的核算及帐务处理按
财政部颁发的《矿产资源补偿费征收管理核算规定》和《矿产资源补偿费会计处理规定》办理。
