一、建设单位向县级国土部门提交占用基本农田保护区土地的申请书。申请书的内容包括：占用保护区土地的地点、范围、保护等级和占用面积、编号、该范围１：１００００的基本农田保护区分布图复印件。
二、县级国土部门会同农业、海洋与水产、林业和水行政主管部门实地审查，分别签署意见，连同保护区调整意见（含地点、土地种类、面积、地力状况等），上报地级以上市国土部门。
三、地级以上市国土部门会同农业、海洋与水产、林业和水行政主管部门分别签署意见后报同级人民政府审核，并提交同级人民代表大会或常务委员会审议，人民政府根据审议意见办理审批。
超过权限范围的，再逐级上报省或国务院审批。
第五条 占用基本农田保护区土地审批权限：
占用一级基本农田或占用二级基本农田５０亩以上的，报省批准；占用二级基本农田５０亩以下的，由地级以上市批准，并报省国土部门和农业行政主管部门备案。
第六条 基本农田保护区的土地经批准被占用的，县级国土部门应会同农业行政主管部门以及被占农田所在地的乡（镇）人民政府按基本农田保护区的划定程序，将同等数量和质量相当的非保护区农田补划入基本农田保护区，以保证保护区面积相对稳定。基本农田调整原则上在乡（镇）范围内调整，乡（镇）没有农田可调整的，应逐级申报，可在县（市、区）、市范围内调整，调整时应从收取的造地费中按每亩不低于２５００元补偿给被调整的乡（镇），用于农田建设。
第七条 经批准占用一级基本农田的，其土地补偿费按我省现行土地补偿标准的高限增加２－－４倍计算补偿；占用二级基本农田的，按现行土地补偿标准的高限增加２－－３倍计算补偿。乡（镇）人民政府应将所增收的土地补偿费划出３０％用于基本农田保护区的农田建设。其余按土地补偿费管理使用的有关规定用于发展集体生产。
经批准占用基本农田保护区内耕地的单位或个人，必须负责开垦与所占耕地的数量和质量相当的的耕地；没有条件开垦或者开垦的耕地不符合要求的，应当按以下标准缴纳或补足基本农田保护区耕地造地费（即《广东基本农田保护区管理条例》第十一条规定的基本农田保护区建设基金，下同）：一级基本农田每平方米１８－－２０元；二级基本农田每平方米１５－－１７元。具体标准经市、县物价部门审核后报同级人民政府确定。
第八条 造地费由市、县国土部门代收，财政部门专帐单列管理。
