任何单位和个人，不得破坏或者擅自移动保护区的界碑、标志物和保护设施。
第十一条 一级保护区实行封闭式保护，禁止除下列事项之外的一切活动：
（一）经批准的科学研究和考察活动；
（二）行政管理活动；
（三）船舶在大山南端与门屿岛之间航道内的无害通航；
（四）经省海洋管理部门和保护区管理局特别许可的其他活动。
平阳县人民政府应当创造条件，逐步将一级保护区内门屿尾村的居民迁出，妥善安排迁出居民的生活和生产。
第十二条 二级保护区实行有重点的保护，在确保海洋贝藻类物种资源及其生态环境不遭破坏和污染的前提下，可以进行有规划、有控制的科学研究、考察、教学实习、旅游开发、渔业生产等活动。
在二级保护区内贝藻类的珍稀品种和繁殖期、幼苗期的贝藻类禁止采捕，因科研需要经批准的采捕活动除外。
第十三条 三级保护区实行开发性保护，可进行指导性的开发活动，但不得损害贝藻类物种资源及其生态环境。
在三级保护区内贝藻类的珍稀品种和繁殖期、幼苗期的贝藻类禁止采捕，因科研需要经批准的采捕活动除外。
前条和本条所称禁采期以及禁采品种，由保护区管理局提出，经平阳县人民政府审核，报省海洋管理部门批准后公布执行。
第十四条 进入一级保护区从事科学研究、考察，必须事先经保护区管理局审核，报省海洋管理部门批准后，在指定区域内进行；进入二、三级保护区从事科学研究、考察、教学实习的，必须事先经保护区管理局批准。
进入二、三级保护区采集标本的，必须事先经保护区管理局批准，并按保护区管理局的规定进行。
从事第一款规定的活动的单位和个人，应当将其活动成果（包括照片、录像、资料、论文、图表等）的副本交送保护区管理局存档。
第十五条 保护区所在地的市、县人民政府应当正确引导保护区内的产业结构调整，鼓励渔民改变张网、凿挖等传统渔业生产方式，发展海水养殖、外海捕捞、旅游等产业。
第十六条 在二、三级保护区内进行渔业采捕活动的，除按规定领取捕捞许可证外，还必须经保护区管理局许可。
