保护区管理局可以根据工作需要，设立若干职能机构，具体负责保护区的保护、建设、规划和管理工作。平阳县人民政府有关部门设在南麂列岛的机构受县主管部门和保护区管理局的双重领导。
第五条 保护区管理局的主要职责是：
（一）执行国家和省有关自然保护区的法律、法规和规定；
（二）组织编制、实施保护区的总体规划；
（三）制定保护区的各项管理制度；
（四）监督协调有关部门设在保护区的机构的工作；
（五）设置和维护各种保护设施和标志；
（六）组织并管理在保护区内的科学研究活动和生态环境的监测监视工作；
（七）开展有关海洋自然资源和生态环境保护的宣传教育活动；
（八）监督管理保护区内的旅游开发活动；
（九）按本条例规定对违法行为进行查处；
（十）平阳县人民政府授予的其他管理职能。
第六条 保护区坚持保护为主，适度开发，开发服从保护的原则。
保护区的建设和管理，应当考虑当地经济建设和户籍在南麂列岛的居民的生产、生活需要。
第七条 在保护区内建立专业监察队伍保护管理与群众保护管理相结合的保护管理体系。
第八条 保护区总体规划是保护区保护、建设和管理工作的依据。保护区总体规划由保护区管理局组织编制，经平阳县人民政府审核，报省海洋管理部门批准后组织实施。
第九条 保护区实行三级分区管理：
（一）大山、大山礁、虎屿岛、小柴屿岛、上马鞍岛和大沙岙部分沙滩，以及上述岛屿和沙滩的陆域海岸线外的部分海域为一级保护区；
（二）稻挑山岛、后麂山岛、大檑山岛、海龙山岛、破屿岛、尖屿岛、平屿岛海岸线外二百米处和小柴屿一级保护区界外二百米处的联线以内的海域和陆域，以及上马鞍岛一级保护区以北、以东、以南各一千米、以西至保护区西界的海域，除去与一级保护区重合的区域，为二级保护区；
（三）保护区内一级保护区和二级保护区之外的其他海域和陆域为三级保护区。
保护区的具体范围，以国家海洋管理部门批准的地理座标的联线范围为准。保护区范围的调整或者改变，应当经原批准机关批准。
第十条 一级、二级、三级保护区的具体位置和范围，应当标绘于图，予以公告，并设置有关界碑、标志物和保护设施。
