卫生部门应参加黄浦江上游地区新建、扩建、改建工程有关卫生防护设施的三同时审查，并参与有关重大污染事件的调查。
公用部门应对水厂进水口和出厂水水质进行定期监测，并向环保部门提供监测数据。
第九条 各级人民政府应责成企业事业单位的主管部门和计划、规划、环保等部门严格执行本
《条例》。采取切实有效的措施，对水源保护区和准水源保护区内原已形成的水污染，采取限期治理措施，逐年减少排污量，并严格防止新的水污染。
第二章 监督和管理
第十条 市环保局可根据环境保护规划和水源保护区、准水源保护区的水质要求，按地区核定污染物排放总量控制指标，并针对不同区域和行业的特点，提出污染物总量年度削减计划。
第十一条 排污单位应根据环境保护部门核定的本单位污染物排放总量控制指标，落实相应的污染物排放总量年度削减计划。
第十二条 在污染物实际总量低于允许排放总量且水质达到水源保护规定的水环境质量标准的地区，各区、县可适当发展一些污染少的项目，但不得新建石棉制品、土硫横、电镀、制革、造纸制浆、土炼焦、漂染、炼油、有色金属冶炼、土磷肥和染料之类小化工等污染严重的生产项目；不得建设油类和危险品作业码头以及拆船厂。新建项目增加的排污量，必须控制在本地区允许的排污总量指标之内。
污染物排放总量指标可以在地区内综合平衡，可以在企业之间有条件地调剂余缺，互相转让；但必须经环境保护部门同意。
第十三条 排污单位必须向所在地的区、县环保部门提出污染物排放申请。污染物排放申请应包括污染物种类、排放浓度、数量、时间、排放口位置、污染治理措施以及达到允许排放量的期限等。未经许可，不准擅自排放污染物。
环境保护部门应根据污染物排放总量控制的要求，对各单位的排污申报进行审核。凡达到总量控制要求的，由环境保护部门发给《上海市企事业单位水污染物排放许可证》；凡尚未达到总量控制要求的，由环境保护部门发给《上海市企事业单位水污染物临时排放许可证》，并责令其限期治理。
