（三）配合太湖流域管理局并与江苏、浙江两省协商，共同搞好淀山湖、元荡湖、急水港、太浦河、园泄泾、大泖港等水体的水污染联合防治工作，编制水污染联合防治规划及计划，并商定实施办法；
（四）建立上游水源保护区、准水源保护区的水环境监测网络，进行水质监测，并汇总监测数据，及时掌握水质动态；
（五）负责排污许可证制度的实施，监督污染源的限期治理；
（六）负责防止污染和其他公害的设施与主体工程同时设计、同时施工、同时投产（以下简称三同时）的审批；
（七）总结推广水污染防治的先进经验和技术，奖励环保先进；
（八）组织调查和处理水污染事故；
（九）征收排污费、超标准排污费。
第七条 各级港航监督机关负责对船舶排污的监督、管理。其主要职责是：
（一）执行并完善黄浦江上游水源保护区、准水源保护区内防止船舶污染的具体办法；
（二）监督船舶的排污，并对船舶造成的水污染事故进行调查处理；
（三）配合环境保护部门监视陆域对水源的污染；
（四）总结推广船舶水污染防治的先进经验和先进技术，奖励环保工作中的先进单位和个人；
（五）定期向市环保局提供
《条例》执行情况。
第八条 规划、水利、市政、渔政、卫生、公用等行政管理部门，应协同环境保护部门做好
《条例》的实施工作。其职责分别是：
规划部门在县域或区域规划、城镇规划和建设项目选址工作中，凡涉及黄浦江上游水源保护区时，必须考虑水源保护的要求；协同环境保护部门、工业主管部门合理调整黄浦江上游地区的工业布局及结构；并协同环境保护部门实施三同时审查。
水利部门应协同环境保护部门对黄浦江上游水源水体进行水质保护；在调节、调度水资源时，必须保证一定的流量，以维护水体的环境质量；并向环保部门提供黄浦江上游地区的水文数据。
市政部门应完善黄浦江上游地区排水和污水处理系统，提高污水处理率及污染物去除率；制定城市排水设施管理办法，并负责调查处理损害排水设施的污水排放事故。
渔政部门应制定并组织实施防止渔业生产活动对黄浦江上游水源污染的管理办法；参加渔业生产所造成的水污染事故调查处理；配合港航监督机关对渔业船舶排污的监督管理。
